[发明专利]一种鉴定大白菜抗根肿病的分子标记KB2、引物及应用

说明书

本发明公开了一种与大白菜根肿病抗性基因Crr1a共分离的InDel分子标记KB2、引物及其应用。本发明提供了鉴别或辅助鉴别大白菜是否含有抗根肿病基因Crr1a，是否为抗根肿病大白菜的方法，包括以待检测大白菜基因组为模板，以本发明提供的引物进行PCR扩增，根据扩增产物的大小，判断待检测大白菜是否含有抗根肿病基因Crr1a，是否为抗根肿病大白菜。利用本发明的分子标记对抗根肿病大白菜进行辅助选择，准确性高，成本低，省时省力。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种鉴别大白菜根肿病抗性的分子标记KB2、引物及其应用。

背景技术

大白菜（Brassica rapa L. ssp. pekinensis）属于十字花科芸薹属，是我国种植面积和产量最大的蔬菜作物之一。根肿病是由根肿菌（Plasmodiophora brassicaeWoronin）引起的土传性疾病，可导致大白菜等十字花科植物的根部异常肿大，形成根瘤，是一种严重的世界性的十字花科植物根部病害，每年可导致全球十字花科蔬菜10%-15%的减产，在发病严重地区，甚至造成绝产，严重威胁十字花科蔬菜的生产。该病最早发现于欧洲，近年来，我国绝大多数省市自治区都有关于根肿病发生的报道，特别是在云南、湖北、辽宁、山东等地区，给我国大白菜等蔬菜的生产造成了巨大影响。

虽然可以采取物理和化学等对根肿菌进行防治，但成本较高，且效果并不明显。培育抗根肿病的新品种，是防治大白菜根肿病最经济、最有效的措施。传统的抗根肿病育种中，每一代都需要采用田间接种病原菌进行性状鉴定的方法，费时费力，且容易受到环境因素的影响。分子标记辅助选择（Marker-assisted selection, MAS）技术为育种工作提供了有利工具，该技术是利用与目标基因连锁的分子标记，通过DNA水平的检测完成都目标性状的选择，提高选择效率，减少工作量，加快育种进程。

利用Williams鉴别系统，对根肿菌的生理小种进行鉴定，发现4号生理小种是我国根肿菌的优势种，致病性强，危害最为严重。在大白菜不同染色体上，至少发现8个根肿病抗性基因或QTLs，其中，在大白菜A08染色体上，有一个抗根肿病基因Crr1a，对4号生理小种具有抗性。虽然有部分与该位点连锁的分子标记公布，但是其连锁性不够高，有一定的假阳性产生，或者检测时，抗病与感病材料差异不明显，结果容易混淆。开发合适的分子标记，用于大白菜抗根肿病品种或品系的选育，可以减少工作量，提高工作效率，降低育种成本，加快育种进程，具有很高的实际应用价值。

发明内容

对于大白菜抗根肿病品种或品系的选育，传统方法需要每代都在田间进行根肿菌接种鉴定抗病性，具有费时、费力易受环境影响等缺点，本发明提供了一种鉴定大白菜根肿病抗性的InDel分子标记、引物及其应用，利用该分子标记可以在大白菜苗期进行DNA水平的鉴定，从而大白菜克服传统育种中需要接种病原菌鉴定抗病性的缺点，简化大白菜抗根肿病品种或品系的培育过程。

本发明提供了一种鉴别或者辅助鉴别大白菜是否为抗根肿病大白菜的InDel分子标记KB2，所述的分子标记单链DNA序列从5’端到3’端为：CTCAAGCTGTGCTCAAGCCTTATGGAACTCCCCTCTTCTATTGGTAACATGACTAATCTTGAGAATTTGAATCTTTCTGGATGCTCTAGCCTTGTGGAGCTCCCCTCTTCTATTAGTAATATGACTAATCTTGAGAATTTTAATCTCTCCCAATGCTCAAGCGTTGTACGGCTCTCTTTTTCTATTGGAAATATGACCAATCTCAAG

本发明还提供了一种上述鉴定大白菜是否为抗根肿病大白菜的分子标记的特异性引物，其单链DNA序列从5’端到3’端为：

上游引物F: CTCAAGCTGTGCTCAAGCCTTATGG