[发明专利]基于KASP技术开发的用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记及其应用

说明书

本发明涉及甘蓝品种鉴定，具体涉及一组基于KASP技术开发的用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记及其应用。所述核心SNP标记包含Bol01～Bol50 SNP标记中的任意一种或更多种，或全部；所述Bol01～Bol50 SNP标记的具体信息如表1所示。基于所述核心SNP标记，可实现对甘蓝杂交种的高通量SNP分型检测，结果准确性高，稳定性好，能够显著提高品种鉴定效率。

技术领域

本发明涉及甘蓝品种鉴定，具体涉及一组基于KASP技术开发的用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记及其应用。

背景技术

结球甘蓝简称甘蓝，是十字花科芸薹属的一种重要蔬菜，在我国各地广泛种植。截止至2015年，我国审(鉴、认)定或登记的甘蓝品种共计247个，其中大部分为一代杂种。近年来，市场上的甘蓝品种不断增多，种植面积不断增大。但是，在市场上同名异物及同物异名的情况时有发生，甚至一些不合格种子混入市场带来巨大的经济损失，因此对品种进行快速准确鉴定对于假种辨别和解决产权纠纷具有重要作用。现行的植物新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试主要依据行业标准考察品种的表型，但存在鉴定周期长、易受环境影响、测试性状多等问题，给品种权纠纷、司法维权带来困难。

随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现为品种鉴定提供了新的手段。分子标记技术具有周期短、不受环境影响、可进行高通量测试分析等优点，已经在品种鉴定、种子纯度鉴定等方面得到广泛应用。国际植物新品种保护联盟(UPOV)于2010年发布了DNA分子标记选择和数据库构建指南(简称BMT指南)，指出SSR和SNP标记是特别适用于品种鉴定的方法。SSR标记具有多态性高、共显性、实验程序简单、结果重复性好等优点，在甘蓝品种鉴定中得到广泛的应用。但利用SSR标记进行品种鉴定存在着SSR标记数量有限、检测位点少，SSR位点存在一定的突变率、对变异反应比较敏感等缺点，而利用SNP标记构建的指纹库则能克服这些问题。相对于传统的SSR标记，SNP标记具有数量多、分布广泛、稳定性高、易于快速且高通量分型的特点。常用的SNP检测方法有基于DNA芯片技术、测序及竞争性等位基因特异性PCR等。DNA芯片技术是检测SNP的最常用方法，但该方法的成本较高。KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP进行分型，该技术具有高度的稳定性与准确性，其检测原理是：针对每个SNP位点设计两条3’端碱基不同的等位基因正向引物与一条反向引物，两条正向引物5’端分别连有序列不同的F标签和H标签，三种引物组成Primer Mix；设计荧光探针，F探针与F标签序列一致，H探针与H标签序列一致，F探针的5’端有一个FAM荧光基团，H探针的5’端有一个HEX荧光基团，相应于F探针和H探针，各设计一个3'端带淬灭基团的淬灭探针，构成荧光引物；将DNA模板、Primer Mix、含有荧光引物的Master Mix混合后进行PCR；PCR反应1：变性模板与Primer Mix中相匹配的引物结合并退火，延伸后序列被加上了标签序列；PCR反应2：等位基因特异性的末端序列的互补链合成；PCR反应3：特异序列对应的标签随PCR反应进行指数性增长，相应信号被检测。相比于DNA芯片技术，利用KASP技术进行SNP检测的成本较低，其成本与检测的SNP位点数呈正相关。因此，基于KASP技术开发SNP标记进行品种鉴定，可大大提高鉴定效率。

发明内容

为满足上述领域的需求，本发明提供一组基于KASP技术开发的用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记，基于所述核心SNP标记，可实现对甘蓝杂交种的高通量SNP分型检测。

本发明基于KASP技术开发的用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记，其特征在于，包含Bol01～Bol50SNP标记中的任意一种或更多种，或全部；所述Bol01～Bol50SNP标记的具体信息如表1所示：

表1.用于甘蓝杂交种鉴定的核心SNP标记