[发明专利]一种用于校正扩增子测序中扩增偏差的方法

权利要求书

1.一种用于校正扩增子测序中扩增偏差的方法，其特征在于，包括以下步骤：

a）扩增靶核酸；

b）获取靶核酸的扩增子覆盖度；

c）计算每个测试基因组区域靶核酸和参考基因组区域靶核酸之间的扩增子覆盖度比值；

d）去除异常值；

e）通过公式1对步骤c）中所得扩增子覆盖度比值进行归一化，

——公式1

f）计算测试基因组区域扩增子和参考基因组区域扩增子之间各项参数的差值，包括引物3’端稳定性差值Diff_{3’端稳定性}、引物解链温度差值Diff_Tm、扩增子长度差值Diff_{扩增子长度}、扩增子GC含量差值Diff_扩增子GC和扩增子侧翼区GC含量差值Diff_{扩增子侧翼GC}；

g）拟合数据，通过公式2计算回归参数值A1、A2、A3、A4和A5，

——公式2

h）使用回归参数值A1、A2、A3、A4和A5校正扩增偏差，得到去除扩增偏差后的归一化扩增子覆盖度比值；

本方法应用于非疾病诊断目的。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸为基因组DNA或RNA。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述扩增包含进行多重聚合酶链式反应。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述扩增包含进行多重逆转录聚合酶链式反应。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸来自多个样本。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，还包括建立的扩增子覆盖度矩阵，矩阵中数字表示单独扩增子在单独样本中的覆盖度，矩阵中每一行对应单独的扩增子，每一列对应单独的样本。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，还包括建立的扩增子覆盖度比值矩阵，矩阵中数字表示以测试区域的单独扩增子在单独样本中的覆盖度作为分子、以参考区域的单独扩增子在单独样本中的覆盖度作为分母的比值，矩阵中每一行对应一种以测试区域的单独扩增子为分子、参考区域的单独扩增子为分母的组合，每一列对应单独的样本。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，还包括建立的使用行中位数归一化的扩增子覆盖度比值矩阵，即首先以行为单位计算扩增子覆盖度比值矩阵的中位数，得到行中位数矩阵，随后进行扩增子覆盖度比值矩阵和行中位数矩阵的矩阵除法运算，得到使用行中位数归一化的扩增子覆盖度比值矩阵。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括在所述校正扩增偏差后检测至少一个靶核酸的拷贝数变异。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括在所述校正扩增偏差后检测染色体非整倍性。

11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，所述染色体非整倍性为胎儿染色体非整倍性。

12.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自胎儿、儿童或成人。

13.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸为人类靶核酸。

14.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自细胞、细胞群、组织、病毒、人造细胞或游离核酸体系。

15.根据权利要求14所述的方法，其特征在于，所述细胞为真核细胞、原核细胞或古核细胞。