[发明专利]通过细菌宏基因组分析来诊断结肠癌的方法

权利要求书

1.一种为结肠肿瘤诊断提供信息的方法，该方法包括以下过程：

(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用具有SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于结肠癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于结肠息肉患者的样品和来源于结肠癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，或者

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于结肠息肉患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，在过程(c)中，经由通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于结肠癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断结肠癌。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述比较包括比较：

来源于选自由脱铁杆菌门(Deferribacteres)、柔膜菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、装甲菌门(Armatimonadetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、和广古菌门(Euryarchaeota)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由脱铁杆菌纲(Deferribacteres)、柔膜细菌纲(Mollicutes)、4C0d-2纲、芽孢杆菌纲(Bacilli)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、腐生螺旋体菌纲(Saprospirae)、Fimbriimonadia菌纲、酸杆菌-6纲(Acidobacteria-6)、索利氏菌纲(Solibacteres)、红蝽菌纲(Coriobacteriia)、颤藻亚纲(Oscillatoriophycideae)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、梭菌纲(Clostridia)、和甲烷杆菌纲(Methanobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由RF32目、YS2目、脱铁杆菌目(Deferribacterales)、苏黎世杆菌目(Turicibacterales)、RF39目、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、红杆菌目(Rhodobacterales)、腐生螺旋体菌目(Saprospirales)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)、Fimbriimonadales菌目、iii1-15目、索利氏菌目(Solibacterales)、红蝽菌目(Coriobacteriales)、色球藻目(Chroococcales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)、蛭弧菌目(Bdellovibrionales)、脱硫杆菌目(Desulfobacterales)、不等鞭毛目(Stramenopiles)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、梭菌目(Clostridiales)、脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)和甲烷杆菌目(Methanobacteriales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由消化球菌科(Peptococcaceae)、脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)、苏黎世杆菌科(Turicibacteraceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、梭菌科(Clostridiaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、红杆菌科(Rhodobacteraceae)、类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)、巴尔通体科(Bartonellaceae)、纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、根瘤菌科(Rhizobiaceae)、Fimbriimonadaceae菌科、皮生球菌科(Dermacoccaceae)、纤毛菌科(Leptotrichiaceae)、红蝽菌科(Coriobacteriaceae)、异球藻科(Xenococcaceae)、气单胞菌科(Aeromonadaceae)、地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)、蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)、韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、拟杆菌科(Bacteroidaceae)、气球菌科(Aerococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、戈登氏菌科(Gordoniaceae)、分枝杆菌科(Mycobacteriaceae)、脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)、巴恩斯氏菌科(Barnesiellaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)和理研菌科(Rikenellaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或者

来源于选自由rc4-4属、变形菌属(Proteus)、链型杆菌属(Catenibacterium)、Mucispirillum菌属、真杆菌属(Eubacterium)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)、差异球菌属(Alloiococcus)、嗜盐单胞菌属(Halomonas)、普雷沃菌属(Prevotella)、小杆菌属(Dialister)、厌氧棒状菌属(Anaerostipes)、SMB53属、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)、碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、Fimbriimonas菌属、皮生球菌属(Dermacoccus)、无色杆菌属(Achromobacter)、新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)、纤毛菌属(Sneathia)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、芽单胞菌属(Blastomonas)、蛭弧菌属(Bdellovibrio)、Alkanindiges菌属、玫瑰色半光合菌属(Roseateles)、沙特尔沃思菌属(Shuttleworthia)、根瘤菌属(Rhizobium)、摩根氏菌属(Morganella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠球菌属(Enterococcus)、乳球菌属(Lactococcus)、粪球菌属(Coprococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、多尔氏菌属(Dorea)、链球菌属(Streptococcus)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、戈登氏菌属(Gordonia)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、史雷克氏菌属(Slackia)、埃希氏菌属(Escherichia)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、萨特氏菌属(Sutterella)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)、埃格特菌属(Eggerthella)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、玫瑰单胞菌属(Roseomonas)、沙雷菌属(Serratia)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)和嗜胆菌属(Bilophila)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。