[发明专利]用于肿瘤检测的方法和系统

权利要求书

1.一种筛查受试者中的肿瘤的方法，所述方法包括：

(a)从所述受试者获得第一生物样品，其中所述第一生物样品包含来自所述受试者的无细胞核酸和潜在的来自病原体的无细胞核酸；

(b)进行第一测定，其包括测量来自所述第一生物样品中的所述病原体的所述无细胞核酸的拷贝数；

(c)从所述受试者获得第二生物样品，其中所述第二生物样品包含来自所述受试者的无细胞核酸和潜在的来自病原体的无细胞核酸；

(d)进行第二测定，其包括对所述第二生物样品中的所述无细胞核酸进行大规模平行测序，以生成序列读取，并且

i.确定与所述病原体的参考基因组比对的所述序列读取的量；以及

ii.确定具有在给定范围内的大小并基于所述大规模平行测序与所述病原体的参考基因组比对的所述无细胞核酸分子的量；以及

(e)基于步骤(b)和步骤(d)筛查所述肿瘤。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一生物样品和所述第二生物样品是相同的。

3.根据权利要求1所述的方法，进一步包括确定与所述病原体的参考基因组比对的所述序列读取的百分比。

4.根据权利要求1所述的方法，进一步包括将与所述病原体的参考基因组比对的所述序列读取的百分比与截止值进行比较。

5.根据权利要求1所述的方法，进一步使确定以下两者的大小比率：

具有在所述给定范围内的大小的与所述病原体的所述参考基因组比对的来自所述第二生物样品的所述无细胞核酸分子的第一比例；以及

具有在所述给定范围内的大小的与所述受试者的参考基因组比对的来自所述第二生物样品的所述无细胞核酸分子的第二比例。

6.根据权利要求5所述的方法，进一步包括确定大小指数，其中所述大小指数是所述大小比率的倒数，并且将所述大小指数与第二截止值进行比较。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤是鼻咽癌。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述病原体是EB病毒(EBV)。

9.根据权利要求1所述的方法，其中测量来自所述第一生物样品中的所述病原体的所述无细胞核酸的拷贝数包括扩增。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述扩增包括聚合酶链反应(PCR)。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述PCR包括定量PCR(qPCR)。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一生物样品和所述第二生物样品是血浆。

13.一种筛查受试者中的肿瘤的方法，所述方法包括：

(a)从所述受试者获得第一生物样品，其中所述第一生物样品包含来自所述受试者的无细胞核酸和潜在的来自病原体的无细胞核酸；

(b)进行第一测定，其包括测量来自所述第一生物样品中的所述病原体的所述无细胞核酸的拷贝数，其中所述第一测定包括所述受试者中存在所述肿瘤的阳性预测值；以及

(c)对来自所述受试者的第二生物样品进行第二测定，其中所述第二生物样品包含来自所述受试者的无细胞核酸和潜在的来自所述病原体的无细胞核酸，并且其中所述第一测定和所述第二测定的所述受试者中存在所述肿瘤的阳性预测值比所述第一测定的所述阳性预测值高至少5倍。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述第一测定和所述第二测定的所述受试者中存在所述肿瘤的所述阳性预测值比所述第一测定的所述阳性预测值高至少7.5倍。

15.根据权利要求13所述的方法，其中所述第一测定和所述第二测定的受试者中存在所述肿瘤的所述阳性预测值为至少15％。