[发明专利]检测艰难梭菌的流行核糖体型的标志物的COBRA探针

说明书

本发明描述了用于快速检测生物或非生物样品中艰难梭菌(Clostridium difficile)的tcdC基因中的单碱基缺失的存在或不存在的方法。所述方法可以包括进行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，提供了经设计用于检测单碱基缺失的引物、探针和试剂盒。

发明领域

本发明涉及微生物诊断的领域，并且更具体地，涉及艰难梭菌( Clostridium difficile)的流行核糖体型的检测。

发明背景

艰难梭菌( C. difficile或 C. diff)是一种厌氧、革兰氏阳性、形成孢子的细菌，其可引起严重的腹泻和其他肠道疾病。艰难梭菌孢子经常在医院中发现，并且尽管孢子不能直接引起感染，但它们当被摄取时可以转化为活跃感染形式。艰难梭菌感染包括广泛范围的临床症状，从简单腹泻到与显著的发病率和死亡率相关的假膜性结肠炎。抗生素相关的结肠炎是艰难梭菌引起的结肠感染，其在肠道菌群中的竞争性细菌已经被抗生素清除时发生。它是患者在医院中时获取的最常见感染。

大多数艰难梭菌感染发生在年龄为65岁或以上的人之间和卫生保健设施诸如医院和养老院中的患者之间。从1996年到2009年，年龄为65岁或以上的住院人员的艰难梭菌比率增加200%，其中年龄为65-74岁的那些增加175%，年龄为75-84岁的那些增加198%，且年龄为85岁或以上的那些增加201%。年龄为85岁或以上的患者间的艰难梭菌比率显著高于其他年龄组的那些(National Hospital Discharge Survey, Annual Files, 1996-2009))。

随着超毒性027/NAP/BI (核糖体型027)菌株的传播，医院和社区获得性艰难梭菌感染(CDI)的患病率近来已增加，特别是在北半球。在致病性艰难梭菌中，毒素A和B分别由 tcdA和 tcdB编码，并且它们的表达由 tcdR (正调节剂)和 tcdC (负调节剂)调节。已假设，核糖体型027菌株中的超毒性是由于 tcdC中核苷酸位置117处的单碱基缺失(tcdC Δ117)导致的毒素A/B产生增加和由 cdtA和 cdtB编码的二元毒素CDT的产生(MacCannell等人,Journal of Clinical Microbiology, 44:6, 2147-2152, 2006)。在 tcdC中还存在特征性的18-bp缺失(核苷酸位置330至347)，其单独不影响功能(O'Connor等人,Gastroenterology, 136:1913–1924, 2009)。基因变异和突变可用于区分病原体，并且在一些情况下有助于预测治疗的预后和过程。因此，仍然存在开发用于检测艰难梭菌的超毒性菌株中的变异和突变的分子测试的显著临床需求，所述分子测试既灵敏又特异性，并且也较不易于产生假阳性或假阴性结果。

发明概述