[发明专利]检测艰难梭菌的流行核糖体型的标志物的COBRA探针

权利要求书

1.通过实时聚合酶链式反应(PCR)测定检测样品中的艰难梭菌的核糖体型027菌株的tcdC基因中的核苷酸位置117处的单碱基缺失(tcdCΔ117)的方法，所述方法包括：

-进行扩增步骤，其包括使所述样品与一组tcdC引物接触，如果样品中存在tcdC核酸则产生扩增产物；

-进行杂交步骤，其包括使所述扩增产物与可检测的tcdCΔ117探针接触；和

-检测来自所述可检测的tcdCΔ117探针的信号的存在或不存在，

其中所述信号的存在指示样品中存在tcdCΔ117，并且其中所述信号的不存在指示样品中不存在tcdCΔ117；

其中所述可检测的tcdCΔ117探针是Cobra探针，其包含具有连续序列的报告子结构域，所述连续序列与核苷酸位置117处的单碱基缺失完全互补，并且其中所述报告子结构域通过包含一个或多个六乙二醇(HEG)的非核苷接头与锚定结构域分离；并且其中所述Cobra探针包含选自SEQ ID NO:1和2的序列或其互补序列。

2.权利要求1的方法，其中：

-所述杂交步骤包括使扩增产物与用供体荧光部分和相应的受体荧光部分标记的所述Cobra探针接触；和

-所述检测步骤包括检测所述Cobra探针的供体荧光部分和受体荧光部分之间的荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在，其中荧光的存在或不存在指示样品中tcdCΔ117的存在或不存在。

3.权利要求1-2中任一项的方法，其中所述扩增采用具有5'至3'外切核酸酶活性的聚合酶。

4.权利要求2的方法，其中所述tcdCΔ117探针包含允许二级结构形成的核酸序列，其中所述二级结构形成导致所述供体荧光部分和受体荧光部分之间的空间接近。

5.权利要求2的方法，其中所述受体荧光部分是猝灭剂。

6.用于检测艰难梭菌的核糖体型027菌株的tcdC基因中的核苷酸位置117处的单碱基缺失(tcdCΔ117)的试剂盒，其包括：

-一对寡核苷酸引物，各寡核苷酸引物能够与含有核苷酸位置117的tcdC基因的子序列的相反链杂交；

-可检测标记的寡核苷酸探针，其包含选自SEQ ID NO:1和2的序列或其互补序列。

7.权利要求6的试剂盒，其中所述可检测标记的寡核苷酸包含供体荧光部分和相应的受体荧光部分。

8.权利要求7的试剂盒，其中所述受体荧光部分是猝灭剂。

9.权利要求6-8中任一项的试剂盒，其进一步包含核苷三磷酸、核酸聚合酶和对于所述核酸聚合酶的功能必需的缓冲液。

10.寡核苷酸，其包含选自SEQ ID NO:1和2的寡核苷酸序列或其互补序列。

11.权利要求10的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷酸。

12.权利要求10-11中任一项的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个保守修饰的变化。

13.权利要求10-11中任一项的寡核苷酸，其进一步包含一个或多个可检测标记物。

14.权利要求13的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一个标记部分和/或至少一个猝灭剂部分。