[发明专利]核酸提取和扩增对照及其使用方法

说明书

核酸试剂和使用其的相应方法用于监测和评估核酸提取和扩增反应。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年8月26日提交的第62/380,253号美国临时申请和2016年8月26日提交的第62/380,291号美国临时申请于《美国法典》第35章第119条(e)项(35U.S.C.§119(e)of U.S.)下的权益。所述申请的内容通过引用方式完整并入本文。

发明领域

本发明总体上涉及分子生物学和遗传测定领域，具体地说，涉及核酸试剂及其用于监测和评估核酸提取和扩增反应的相应方法。

发明背景

从细胞或组织样本中提取核酸是各种研究、应用和临床环境中的一个重要过程。例如，生物制药工业使用核酸提取生产药物、疫苗及其他生物制品，以及在生物制药生产中对生物负荷进行检测。在临床环境中，有必要从细胞和组织样品中提取核酸，以提供例如诊断、预后和治疗监测。核酸扩增在许多研究、应用和临床环境中也是一个广泛使用的重要过程。

需要用于评估和监测核酸提取和扩增反应性能的组合物及方法。

发明概述

本文提供了用于扩增含有对照核酸分子样品中的多种核酸靶序列的方法、组合物和试剂盒，所述方法包括：并行进行多个扩增反应，所述多个扩增反应中的每一个包括部分样品和一对扩增引物，用于配置扩增对照核酸分子中相应的靶序列，其中对照核酸分子包含多种不同的靶序列；形成对应于对照核酸分子中至少两种不同靶序列的多种不同扩增产物；并确定扩增反应中至少两种不同扩增产物的存在。

在另一方面，本文提供了用于扩增多种核酸靶序列的方法、组合物和试剂盒，所述多种核酸靶序列包括：将对照核酸分子和试验核酸样品同时分配到多个反应体积中，其中所述对照核酸分子包括多个不同的靶(目标)序列，所述试验核酸样品包括一个或多个试验核酸分子；使所述反应体积经受核酸扩增条件，并使用成对扩增引物扩增所述反应体积中的对照核酸分子的至少两种不同的靶序列，每对扩增引物用于扩增所述对照核酸分子中不同的靶序列；以及检测所述反应体积中至少两种不同的扩增的靶序列的存在。

另一个方面，本文提供了在含有对照核酸分子的样品中扩增多种核酸靶序列的方法、组合物和试剂盒，该方法包括：将样品分配到多个反应体积中，其中该对照核酸分子包含多种不同的靶序列，且其中该反应体积包括至少两对不同的扩增引物，该扩增引物配置成扩增该对照核酸分子中的相应靶序列；在该反应体积中进行扩增反应，并形成与该对照核酸分子中的至少两种不同靶序列相对应的多种不同扩增产物；在扩增反应中确定至少两种不同扩增产物的存在。

另一个方面，本文提供了用于评估多种扩增反应的方法、组合物和试剂盒，该方法包括：将核酸样品的部分分配给位于载体内或其上的各个反应室，其中核酸样品包含一个对照核酸分子，而该对照核酸分子包含多种不同的靶序列；进行多种平行扩增反应并在各反应室中形成对应于对照核酸分子中至少两种不同靶序列的多种不同靶扩增产物，其中每种扩增反应包含一对引物，用于配置扩增该对照核酸分子内存在的相应靶序列，至少两种扩增反应包含扩增引物用于配置扩增不同对照核酸分子内存在的相应靶序列；并量化在至少两个个别反应室中形成的至少两个不同的靶扩增产物。

另一方面，本文提供了包含多种不同扩增靶序列的核酸构建体，其中扩增靶序列包含选自表3的基因的至少20个核苷酸部分或其相应的cDNA。在一些实施方案中，本文提供了包含此类核酸构建体的细胞或其他组合物。

另一方面，本文提供了包含多种不同扩增靶序列的核酸构建体，其中扩增靶序列选自一组包含SEQ ID NO:1-34或其互补序列的序列。在一些实施方案中，本文提供了包含此类核酸构建体的细胞或其他组合物。