[发明专利]RNA指导的治疗HIV感染的方法和组合物

说明书

一种通过如下方式使整合到被逆转录病毒潜伏感染的宿主细胞基因组中的前病毒DNA失活的方法：用包含规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)相关内切核酸酶和两种或更多种不同指导RNA(gRNA)的组合物处理所述宿主细胞，其中所述至少两种gRNA中的每一种与所述前病毒DNA中的长末端重复序列(LTR)中的不同靶核酸序列互补；和使所述前病毒DNA失活。一种用于使整合到被逆转录病毒潜伏感染的宿主细胞基因组中的前病毒DNA失活的组合物，所述组合物包含含有CRISPR相关内切核酸酶和指导RNA的分离的核酸序列，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。

关于联邦政府资助研究的声明

本发明是在由国立卫生研究院授予的授权号R01MH093271、R01NS087971、和P30MH092177下在美国政府支持下完成的。美国政府在本发明中拥有某些权利。

技术领域

本发明涉及特异性切割逆转录病毒(例如人免疫缺陷病毒(HIV))中的靶序列的组合物。这样的组合物可以施用于患有HIV感染或有感染HIV感染风险的受试者，所述组合物可以包括编码规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)相关内切核酸酶的核酸和与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补的指导RNA序列。

背景技术

自发现HIV-1以来的三十多年里，艾滋病仍然是一个主要的公共健康问题，影响全球超过3530万人。由于HIV-1永久整合到宿主基因组中，艾滋病仍然无法治愈。目前用于控制HIV-1感染和阻止AIDS发展的治疗(高效抗逆转录病毒疗法或HAART)极度减少了支持HIV-1感染的细胞中的病毒复制并将血浆病毒血症降低至最低水平。但是HAART不能抑制组织中的低水平病毒基因组表达和复制，并且不能靶向充当HIV-1的储库的潜伏感染的细胞，例如休眠记忆T细胞、脑巨噬细胞、小神经胶质细胞和星形胶质细胞、肠道相关的淋巴细胞。持续性HIV-1感染也与共病(包括心脏和肾脏疾病、骨质减少和神经障碍)有关。持续需要针对持续性病毒储库的有疗效的治疗策略。

发明内容

本文提供了涉及治疗和预防逆转录病毒感染的组合物和方法。逆转录病毒可以是慢病毒，例如人免疫缺陷病毒、猿猴免疫缺陷病毒、猫免疫缺陷病毒或牛免疫缺陷病毒。人免疫缺陷病毒可以是HIV-1或HIV-2。在一个实施例中，这些组合物包含含有编码CRISPR相关内切核酸酶的序列的核酸序列和一种或多种指导RNA，其中指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。在一些实施例中，核酸包含在表达载体内。在一个实施例中，这些组合物包含CRISPR相关内切核酸酶多肽和一种或多种指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。还提供了包含本文披露的核酸、表达载体或多肽的药物组合物。本文还提供了治疗患有人免疫缺陷病毒感染或具有患上人免疫缺陷病毒感染风险的受试者的方法，其中所述治疗方法包括向受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含编码CRISPR相关内切核酸酶的载体和一种或多种指导RNA，其中所述指导RNA与人免疫缺陷病毒中的靶序列互补。还提供了通过将细胞暴露于包含编码含有CRISPR相关内切核酸酶和一种或多种指导RNA的基因编辑复合物的分离的核酸的组合物使该人类细胞中的逆转录病毒失活的方法，其中所述指导RNA与逆转录病毒中的靶核酸序列互补。基因编辑复合物向前病毒DNA中引入一个或多个突变。在一些实施例中，这些突变可以包括缺失，所述缺失可以包含前病毒DNA序列中的全部或基本上全部。在另一方面，还提供了包含测量量的本文披露的组合物的试剂盒。

在以下的附图和说明中阐述本发明的一个或多个实施例的细节。本发明的其他特征、目的和优点会从说明书和附图以及权利要求书中显而易见。

附图说明

本专利或申请文件含有至少一幅彩色附图。在请求并支付必要的费用后，官方将会提供带有一幅或多幅彩色附图的本专利或专利申请公开物的副本。