[发明专利]RNA指导的治疗HIV感染的方法和组合物

权利要求书

1.一种使整合到被逆转录病毒潜伏感染的宿主细胞基因组中的前病毒DNA失活的方法，所述方法包括以下步骤：

用包含规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)相关内切核酸酶和两种或更多种不同指导RNA(gRNA)的组合物处理所述宿主细胞，其中所述至少两种gRNA中的每一种与所述前病毒DNA的长末端重复序列(LTR)中的不同靶核酸序列互补；和

使所述前病毒DNA失活。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述处理宿主细胞的步骤包括以下步骤：

将所述宿主细胞暴露于组合物，所述组合物包含编码所述CRISPR相关内切核酸酶的分离的核酸；编码具有第一间隔子序列的第一gRNA的分离的核酸序列，所述第一间隔子序列与前病毒DNA中的第一靶前间隔子序列互补；和编码具有第二间隔子序列的第二gRNA的分离的核酸，所述第二间隔子序列与所述前病毒DNA中的第二靶前间隔子序列互补；

在所述宿主细胞中表达所述CRISPR相关内切核酸酶、所述第一gRNA和所述第二gRNA；

在所述宿主细胞中组装包含所述CRISPR相关内切核酸酶和所述第一gRNA的第一基因编辑复合物；和包含所述CRISPR相关内切核酸酶和所述第二gRNA的第二基因编辑复合物；

通过所述第一间隔子序列和所述第一靶前间隔子序列之间的互补碱基配对将所述第一基因编辑复合物引导至所述第一靶前间隔子序列；

通过所述第二间隔子序列和所述第二靶前间隔子序列之间的互补碱基配对将所述第二基因编辑复合物引导至所述第二靶前间隔子序列；

用所述CRISPR相关内切核酸酶切割所述第一靶前间隔子序列处的所述前病毒DNA；

用所述CRISPR相关内切核酸酶切割所述第二靶前间隔子序列处的所述前病毒DNA；和

在所述前病毒DNA中诱导至少一个突变。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一靶前间隔子序列和所述第二靶前间隔子序列中的至少一个位于所述LTR的U3区域内。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述逆转录病毒选自由HIV-1、HIV-2和SIV组成的组。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述逆转录病毒是HIV-1，并且所述第一间隔子序列和所述第二间隔子序列各自包括与选自下组的靶前间隔子序列互补的序列，该组由以下组成：SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:87、和SEQ ID NO:110。

6.根据权利要求4所述的方法，其中所述逆转录病毒是HIV-1，并且所述第一间隔子序列和所述第二间隔子序列分别包括与靶前间隔子序列SEQ ID NO:96和SEQ ID NO:121互补的序列。

7.根据权利要求4所述的方法，其中所述逆转录病毒是HIV-1，并且所述第一间隔子序列和所述第二间隔子序列各自分别包括与靶前间隔子序列SEQ ID NO:87和SEQ ID NO:110互补的序列。