[发明专利]判断PCR结果是否为假阳性的方法有效
申请号: | 201711498072.3 | 申请日: | 2017-12-29 |
公开(公告)号: | CN108085371B | 公开(公告)日: | 2021-11-02 |
发明(设计)人: | 李阳 | 申请(专利权)人: | 武汉艾德士生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6848 | 分类号: | C12Q1/6848 |
代理公司: | 南京纵横知识产权代理有限公司 32224 | 代理人: | 董建林;徐瑛 |
地址: | 430000 湖北省武汉市东湖新技术开发区高新大*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 判断 pcr 结果 是否 阳性 方法 | ||
1.判断PCR结果是否为假阳性的方法,其特征在于,先估算出如果在目标基因存在的情况下,在PCR体系内将要加入的目标基因模板分子数量;然后根据目标基因模板分子数量向PCR体系内添加内参模板,所述内参模板的加入用于压制污染,所述内参模板的分子数量控制在目标基因模板分子数量的1/n,n为2~1000的自然数;
所述内参模板和目标基因模板高度同源,两者只有个别碱基的差别,使得PCR引物能够以相同效率扩增内参模板和目标基因模板,然后对扩增结果进行测序分析;当扩增结果以目标基因片段为主,说明样品为阳性;当扩增结果以内参模板为主,则说明样品为阴性;当阴性样品被目标模板污染,且污染量不超过预期目标模板数量的1/n,则得到的为可信结果,
根据添加DNA模板的体积、浓度、以及分子量估算出在PCR体系内将要加入的所述目标基因模板分子数量,目标基因分子的数量N=(体积*浓度*NA)/分子量,其中分子量=单位长度碱基对的平均分子量*碱基对长度,其中NA为阿伏伽德罗常量6.02*1023,同理内参模板的量可以通过换算获得。
2.根据权利要求1所述的判断PCR结果是否为假阳性的方法,其特征在于,所述n为3~10。
3.根据权利要求1所述的判断PCR结果是否为假阳性的方法,其特征在于,所述测序分析的方法采用一代测序或者二代测序方法。
4.根据权利要求3所述的判断PCR结果是否为假阳性的方法,其特征在于,采用一代测序方法,将测序得到的峰值数据以及作为参比差异序列的同源序列一起提交给计算机程序进行比对,统计每个序列所有差异位点的平均强度,各序列平均信号强度的比值即代表了所述同源序列的数量比值;所述同源序列为所述内参模板和目标基因模板。
5.根据权利要求4所述的判断PCR结果是否为假阳性的方法,其特征在于,所述计算机程序进行比对的方法包括:先根据提交的参比差异序列算出所有差异位点,记录这些差异位点的具体碱基和在序列中的位置;然后根据这些位置信息在测序结果文件数据中找出这些位置上4种碱基的信号强度,并记录;统计所有差异位点上不同碱基的信号强度;对每个位点的信号强度进行均一化;统计每个序列所有差异位点的平均强度,各序列平均信号强度的比值代表了起始体系中各同源序列的数量比值。
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