[发明专利]一种用于鉴定枫叶鸭的分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种用于鉴定枫叶鸭的分子标记及其应用，该分子标记包括4个SNP分子标记中的任一个，用于检测SNP分子标记的特异性引物分别如SEQ ID NO.1‑2、SEQ ID NO.3‑4所示。利用上述4个SNP分子标记或2对引物中的任一对引物均能实现将枫叶鸭从其他鸭中准确、迅速地鉴别出来。用本发明提供的分子标记鉴定枫叶鸭，操作简单，特异性高、重复性好，极大地促进了枫叶鸭品种资源的正确保存和合理利用，同时为保障消费者权益提供了巨大的便利，在枫叶鸭的育种领域具有良好的应用前景。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及用于鉴定枫叶鸭的SNP分子标记、以及鉴定枫叶鸭的方法。

背景技术

北京鸭是江苏金陵一代的白色变种麻鸭随进京运粮的船沿运河北上，在玉泉山一带定居，经过多年精心培育而来。枫叶鸭是美国枫叶国际控股有限公司培育通过A、D、G、X四系配套杂交培育而来。其中A系、D系、G系都是在北京鸭的基础上不断选育而来，X系来源于CD食品公司。樱桃谷鸭是英国樱桃谷农场引进我国的北京鸭和埃里斯伯里鸭为亲本，杂交选育而成的配套系鸭种，微卫星分子标记遗传关系分析显示，北京鸭、樱桃谷鸭的遗传距离最近，二者分化时间为98年，证实了樱桃谷鸭由北京鸭培育而来的说法。

在品种特性上，北京鸭、枫叶鸭、樱桃谷鸭具有不同的优点。北京鸭以油脂含量高，风味物质种类丰富而著称，用北京鸭制作的北京烤鸭香味浓厚，皮层酥脆，外焦里嫩。枫叶鸭是优良的瘦肉型肉蛋兼用型品种，具有抗病力强、瘦肉率高、风味好、产蛋多的优点。樱桃谷鸭是瘦肉型肉鸭品种，具有生长快、瘦肉率高、净肉率高和饲料转化率高，以及抗病力强等优点。

纯种的北京鸭种质资源较少，且生产成本较高，市场占有率较低。而樱桃谷鸭、枫叶鸭则凭借着优异的生产性能占领了大部分也鸭业市场。由于北京鸭、枫叶鸭、樱桃谷鸭三者外表相似，通过表型难以区分，所以市场上出现了一些人用枫叶鸭和樱桃谷鸭代替北京鸭欺骗消费者的现象，让消费者和生产者蒙受了巨大的利益损失，且维权困难。

SNP是single nucleotide polymorphism的缩写，是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。SNP包括单个碱基的转换或颠换，也包括插入或缺失，在整个基因组上具有高密度性，因此不同鸭品种基因组的SNP标记可以在育种过程中进行相关品种的精准鉴定。在品种鉴定或是种质资源改良过程中，根据鸭品种间SNP进行鉴别，这样就可以改变传统鉴定或育种的盲目性，而且极大的减小了群体大小，节省成本。

本发明通过二代测序发现了一些单独存在于枫叶鸭中的特异性SNP，并且提供了这些SNP鉴别方法。利用这些SNP信息鉴别枫叶鸭具有速度快、准确性高、易重复的特点，为保护消费者利益和品种资源保护提供了巨大便利。

发明内容

本发明的第一个目的是提供一种用于鉴定枫叶鸭的SNP分子标记。

本发明的另一个目的是提供该SNP分子标记在鉴定枫叶鸭中的应用。

为了实现本发明的目的，本发明利用重测序手段对不同鸭种(枫叶鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、绍兴鸭、山麻鸭、高邮鸭)进行测序，通过对不同鸭种间的DNA序列进行筛查比对，找到含枫叶鸭特异性SNP位点的序列，并对这段序列设计引物进行PCR扩增和测序验证，通过分子生物学技术手段，找到一种分子标记，可以迅速准确将枫叶鸭从其他品种鸭中鉴定出来。

具体地，本发明测定SNP位点的方法，按照以下步骤进行：

1)样品采集：枫叶鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、绍兴鸭、山麻鸭、高邮鸭共7个品种，不分雌雄，每个鸭品种8个个体。

2)测序：利用苯酚氯仿法提取出鸭子DNA，对鸭子进行重测序，平均每个个体的测序深度为6.45X。