[发明专利]PDGFRA基因突变检测体系及其试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测PDGFRA基因突变的方法和检测产品，属于生物技术领域。

背景技术

研究已经发现在多种人类癌症(胃肠道间质瘤、胶质母细胞瘤、恶性外周神经鞘等肿瘤)中存在PDGFRA的扩增、缺失、及体细胞突变，研究发现，PDGFRA的突变不仅与人类恶性肿瘤的发生发展有关，而且与肿瘤的分期、分级及预后也有密切关系。因此，检测肿瘤患者不同阶段中PDGFRA突变，对患者判断预后有着重要的意义

探索患者PDGFRA耐药机制及预测预后成为一条可行的途径，现在已经明确肿瘤细胞会释放DNA进入循环系统，使得通过“液态活检”的方式，能够对早期及晚期肿瘤患者特定的核酸序列进行分析，是一种非侵入性的检测肿瘤基因及临床治疗效果的一种方法，而且患者对非侵入性样本采集方式的接受度更高。

但是由于大多数人血清/血浆中cfDNA含量低，在肿瘤早期阶段，ctDNA仅占总游离DNA的0.01％，且cfDNA片段相对小等原因，目前对肿瘤相关基因的临床检测主要是测序法和ARMS法，并不适用。使用灵敏度较低的常规方法检测只能发现小部分患者在接受特定治疗前的肿瘤变异，采用高灵敏度法(如dPCR)检测则可以发现较高比例的携带突变型患者。目前进行PDGFRA基因突变检测的方法主要有芯片技术、探针引物技术、酶切、焦磷酸测序技术和HRM分析技术等，价格贵、繁琐或准确性不高。因此，开发一种检测PDGFRA基因突变的产品，以实现更高灵敏度、更低成本、更方便快捷的PDGFRA基因突变检测是非常有必要的。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种灵敏度和特异性高，样品需求量少，可以快速便捷准确地进行PDGFRA基因突变检测的PDGFRA基因突变检测体系及其试剂盒。

本发明为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种PDGFRA基因突变检测体系，包括用于检测PDGFRA基因第12外显子V516D位点的上下游引物A，用于PDGFRA基因检测第18外显子D842V位点的上下游引物B，荧光染料SYBR GreenI，以及肽核酸；

所述上游引物A的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物A的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；

所述上游引物B的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，所述下游引物B的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示；

所述肽核酸包括核苷酸序列与野生型PDGFRA基因第12外显子V516D位点完全互补且核苷酸序列如SEQ ID No.5所示的肽核酸A，以及核苷酸序列与野生型PDGFRA基因第18外显子D842V位点完全互补且核苷酸序列如SEQ ID No.6所示的肽核酸B。

上述上下游引物A、B进行了LNA修饰。

上述上下游引物A、B在反应体系中的最终浓度均为0.1～0.3μM/L。

上述上下游引物A在反应体系中的最终浓度为0.19μM/L，所述上下游引物B在反应体系中的最终浓度为0.2μM/L。

上述肽核酸A、B在反应体系中的最终浓度均为1～1.5μM/L。

上述肽核酸A、B在反应体系中的最终浓度均为1.25μM/L。

本发明为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种采用上述的检测体系的PDGFRA基因突变检测产品。

本发明为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种PDGFRA基因突变检测试剂盒，包括PCR检测液A、PCR检测液B和SYBR GreenI混合液；

所述PCR检测液A包括用于检测PDGFRA基因第12外显子V516D位点的上下游引物A和肽核酸A，所述PCR检测液B包括用于检测PDGFRA基因第18外显子D842V位点的上下游引物B和肽核酸B；

所述上游引物A的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述下游引物A的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，

所述上游引物B的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，所述下游引物B的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，

所述肽核酸包括核苷酸序列与野生型PDGFRA基因第12外显子V516D位点完全互补且核苷酸序列如SEQ ID No.5所示的肽核酸A，以及核苷酸序列与野生型PDGFRA基因第18外显子D842V位点完全互补且核苷酸序列如SEQ ID No.6所示的肽核酸B。

上述上下游引物A、B进行了LNA修饰；所述上下游引物A、B在反应体系中的最终浓度均为0.1～0.3μM/L，所述肽核酸A、B在反应体系中的最终浓度均为1～1.5μM/L。