[发明专利]一种微卫星不稳定检测的方法在审
申请号: | 201710961022.8 | 申请日: | 2017-10-17 |
公开(公告)号: | CN107475442A | 公开(公告)日: | 2017-12-15 |
发明(设计)人: | 张云静;李威;张中娜 | 申请(专利权)人: | 生工生物工程(上海)股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 北京超凡志成知识产权代理事务所(普通合伙)11371 | 代理人: | 刘书芝 |
地址: | 201600 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 卫星 不稳定 检测 方法 | ||
1.一种结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,其包括:用引物对待检样品进行PCR扩增;
其中,所述引物包括针对待检微卫星位点扩增的检测引物和针对内参微卫星位点扩增的内参引物;
所述待检微卫星位点包括:BAT-25,BAT-26,D2S123,D5S346和D17S250;
所述检测引物包括:SEQ ID NO.1-2所示的第一引物对、SEQ ID NO.3-4所示的第二引物对、SEQ ID NO.5-6所示的第三引物对、SEQ ID NO.7-8所示的第四引物对和SEQ ID NO.9-10所示的第五引物对;
所述内参微卫星位点为Penta C。
2.根据权利要求1所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,所述内参引物包括SEQ ID NO.11-12所示的第六引物对。
3.根据权利要求2所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,所述第二引物对和第五引物对均标记有第一荧光标记;
所述第四引物对和第六物对均标记有第二荧光标记;
所述第一引物对和第三引物对均标记有第三荧光标记;
所述第一荧光标记、所述第二荧光标记和所述第三荧光标记中的任意两者不相同。
4.根据权利要求3所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,所述第一荧光标记选自如下荧光标记中的任意一种:FAM、HEX、JOE、TAMRA、ROX和VIC;
所述第二荧光标记选自如下荧光标记中的任意一种:FAM、HEX、JOE、TAMRA、ROX和VIC;
所述第三荧光标记选自如下荧光标记中的任意一种:FAM、HEX、JOE、TAMRA、ROX和VIC。
5.根据权利要求4所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,在所述第一引物对、所述第二引物对、所述第三引物对、所述第四引物对、所述第五引物对和所述第六引物对中,每个引物对的上游引物的5’端标记有荧光标记。
6.根据权利要求3-5任一项所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,在PCR扩增的体系中,所述第一引物对的浓度为0.0125-0.05μM,所述第二引物对的浓度为0.05-0.2μM,所述第三引物对的浓度为0.1-0.4μM,所述第四引物对的浓度为0.1-0.4μM,所述第五引物对的浓度为0.1-0.4μM,所述第六引物对的浓度为0.025-0.1μM。
7.根据权利要求6所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,PCR扩增的条件为:94-96℃预变性3-5min;94-96℃变性25-45s;58-60℃退火60-120s,70-72℃延伸30-60s,29-32个循环;58-60℃延伸30-60min。
8.根据权利要求3-5任一项所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,PCR扩增的体系中还含有以下组分:Tris-HCl、KCl、(NH4)2SO4、dNTP、MgCl2以及甘油。
9.根据权利要求8所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,在PCR扩增的体系中,Tris-HCl的浓度为18-22mM、KCl浓度为18-22mM、(NH4)2SO4的浓度为3-7mM、dNTP的浓度为0.1-0.5mM、MgCl2的浓度为2-6mM、甘油的质量百分比为1-2%。
10.根据权利要求1-5任一项所述的结直肠癌微卫星不稳定检测的方法,其特征在于,所述方法还包括:将PCR扩增的产物进行毛细管电泳。
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