[发明专利]检测人基因组中rs11190870的多态性的成套引物及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域中检测人基因组中rs11190870的多态性的成套引物及其应用。

背景技术

脊柱侧凸，又名脊柱侧弯，是一种多发于青少年的脊柱病变，严重影响青少年的身心健康发展。脊柱侧凸是一种长期发展的疾病，一旦发生后，会伴随着青少年的生长发育逐步发展、恶化，同时也会导致治疗难度加大、治疗效果变差。因此，脊柱侧凸的早期发现、干预特别重要。目前，对于青少年脊柱侧凸的筛查，最常用的手段是采取现场筛查的方式，对已经检测到脊柱侧凸的发病者进行干预、治疗。但由于在脊柱侧凸发生早期，脊柱侧弯程度小，不容易被检测到，所以常规的筛查会遗漏掉一些早期的发病患者，同时，采用常规的筛查方法，需要定期重复检查，耗费了大量人力物力，因此，采用更经济、有效的方法对发病人群进行甄别至关重要。

在青少年脊柱侧凸发病人群中，发病率最高的是青少年特发性脊柱侧凸(adolescent idiopathic scoliosis,AIS)，约占发病总人数的80％。近年来关于AIS的发病机制研究中，遗传因素逐渐得到多数研究者的认可，与AIS发病相关的SNP位点也逐步被发现，其中，最能得到研究人员认可的是位于LBX1基因附近的一个SNP位点：rs11190870。Hua Jiang等人在一项关于汉族人群AIS的研究中，共纳入了949名AIS患者与976名健康对照人群，研究结果显示，rs11190870的C＞T变异与AIS发病显著相关(P＝1.89×10^-9，OR＝1.51)(Jiang H,Qiu XS,Dai J et al.Association of rs11190870near LBX1 with adolescent idiopathic scoliosis susceptibility in a Han Chinese population.Eur Spine J(2013)22:282–286)；此外，Yaqin Cao等人纳入了多项关于AIS的研究进行了meta分析，结果表明，rs11190870的T基因型会增加青少年人群、特别是女性人群的发病风险(Cao YQ,Min JK et al.Associations of LBX1 gene and adolescent idiopathic scoliosis susceptibility:a meta-analysis based on 34,626subjects.Cao et al.BMC Musculoskeletal Disorders(2016)17:309)。所以，通过基因检测的方式，锁定青少年特发性脊柱侧凸高发人群并进行重点筛查，并制定有针对性的干预措施，在降低筛查工作难度的同时，也可以提高筛查的效果。

在目前针对人体SNP的基因分型检测中，对于单个或较少数量的SNP检测，常用的检测技术主要是质谱检测、实施荧光定量PCR技术、Sanger测序等，其中，Sanger测序法最为常见。目前由于进行Sanger测序对实验室硬件要求较高，所以多数实验室目前以外送PCR产物进行Sanger测序的方式为主，由测序公司代为检测。这种外送测序方式带来的主要问题就是检测时效性差，检测周期通常较长。同时,虽然目前单个样品进行Sanger测序的价格较低，但对于样品较大的实验室，检测成本仍是一个负担。此外，质谱检测、实施荧光定量PCR技术也对实验室硬件设备有较高的要求。所以，开发一种快速、经济的SNP位点检测方法变得非常必要。

2001年，Ye等人基于ARMS-PCR的原理，引入了一种在实验室快速检测目标位点序列的方法，即四引物变异阻滞扩增系统(Tetra-primer ARMS PCR),针对目标位点设计内外共4条引物，其中2条外引物(F、R)分别位于目标位点上游、下游；另外2条内引物序列方向相反，且序列3’末端位于目标SNP位点，分别对应两种基因型(Ye S,Dhillon S,Ke X,et al.An efficient procedure for genotyping single nucleotide polymorphisms[J].Nucleic Acids Res,2001,29(17):e88)。将2条外引物、2条内引物混合进行PCR扩增，两种基因型对应的PCR产物片段长度不同，通过电泳检测PCR产物的条带分布即可判定目标位点的基因型(野生纯合、杂合、纯合突变)。ARMS-PCR技术中，引物是决定检测结果准确度的关键因素。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何准确地检测人类基因组中rs11190870的多态性(即等位基因)。