[发明专利]猪MMP20基因片段作为产仔数性状的遗传标记及应用

说明书

本发明属于家畜分子遗传标记筛选技术领域，具体涉及猪MMP20基因片段作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。发明通过筛选得到一种如SEQ ID NO：1所述的与猪产仔数性状相关的遗传标记，在该基因片段257bp处存在一个GC碱基突变，在该基因片段的292bp处存在一个CT碱基突变；和SEQ ID NO：2所述的另一个与猪产仔数性状相关的遗传标记，在该基因片段的257bp处存在一个CG碱基突变，在292bp处存在一个TC碱基突变。上述两个突变位点完全连锁，可显著影响猪产仔数性状。本发明还公开了该遗传标记的筛选方法及其在猪产仔性状关联分析中的应用。为猪产仔数性状的标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记。

技术领域

本发明属于家畜遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种猪产仔数性状的遗传标记及应用。所述的猪遗传标记位于猪MMP20基因核苷酸片段上。

背景技术

猪的产仔数是直接关系到养猪业的经济收益的重要经济性状，提高猪产仔数对提高养猪业的总体经济效益意义重大。然而，母猪产仔数性状是一个低遗传力(0.1左右)的复合性状，很难用常规育种技术进行遗传改良，所以寻找控制猪产仔数性状的关键分子遗传标记，将可应用于该性状的分子辅助育种，对提高猪产仔数具有重要意义。

MMP20(Matrix Metallopeptidase 20，基质金属蛋白酶-20)是基质金属蛋白酶家族中的一员，主要与牙齿发育密切相关，在降解釉原蛋白方面发挥重要作用。例如，在MMP20基因的突变可导致釉质发育不良(Gao et al.,2014)；在MMP20基因敲除小鼠模型中，釉质形成缺陷(Caterina et al.,2002)，表现在釉质矿化含量和矿化硬度降低(Bartlett etal.,2004)；Filho等(2017)发现人MMP20基因rs1784418位点与防龋有密切关系；Prajapati等(2016)发现MMP20通过防止磷灰石晶体内蛋白质的封闭介导牙釉质矿化。另外，近期也有文献报道MMP20基因缺失与神经母细胞瘤有关(Chang et al.,2017)。而有关MMP20基因对繁殖性能的影响还未见报道。

由上，申请人克隆了猪MMP20基因的部分核苷酸序列，利用该序列进行了多态性变异位点的筛选鉴定及与母猪产仔数性状的关联分析研究，以期获得与猪产仔数相关的新分子标记。

发明内容

本发明的目的在于扩增猪MMP20基因的DNA序列，以寻找该基因序列突变位点多态性，获得一种与猪产仔数性状相关的遗传标记，并利用该遗传标记作为猪标记辅助选择中。

本发明通过以下技术方案实现：

本发明获得了一种猪产仔数性状的遗传标记，它是猪MMP20基因的部分DNA片段，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1(长度为643bp)和SEQ ID NO：2(长度为643bp)所示。在SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2第257碱基处存在一个CG碱基突变，在该序列第292碱基处存在一个CT碱基突变(如图2所示)。

申请人提供了一种扩增猪MMP20基因部分DNA片段的引物对，该引物对的DNA序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。

申请人提供了一种制备猪产仔数性状相关基因MMP20遗传标记的方法，其步骤如下：