[发明专利]猪多组学整合精准育种方法

说明书

本发明公开了一种猪多组学整合精准育种方法，所述育种方法包括测定HSD17B1基因表达量、以及HSD17B1基因第323407415位SNP位点上基因型的步骤。将转录水平和基因水平上的影响特征相结合提供的多组学整合精准育种方法，不依赖于基因组编辑手段，提高了广大群众接受度，同时克服了经典遗传育种理论只考虑DNA序列变异体对性状遗传变异影响的弊端，综合多层次遗传变异效应，加快了高生产效率猪的遗传进展。

技术领域

本发明涉及猪多组学整合精准育种方法，具体涉及用以提高猪的繁殖效率的多组学整合精准育种方法。

背景技术

我国养猪业历史悠久，猪种资源丰富，分布广泛，有着巨大的利用潜力和广阔的发展前景。种猪生产是养猪业生产的基础，只有通过科学地饲养管理，种猪才能繁殖出数量多、质量高的仔猪，才能提高养猪业的经济效益。

随着我国经济持续快速的发展，人们的生活水平逐渐提高，对猪肉的需求量也越来越高，因此，人们也越来越关注如何提高猪的繁殖性能。繁殖性能是猪的重要经济性状，包括产仔数、初生重和初生窝重、断乳窝重、初产日龄和产仔间隔等。母猪繁殖力的选育对于提高养猪生产整体效益起到至关重要作用，给养猪业带来巨大经济效益，是影响养猪业生产效率的重要因素之一。

一方面，目前获得高繁殖效率猪的方法主要集中在基因组编辑。在转基因技术和体细胞克隆技术的基础上发展起来的基因组编辑技术，可以通过对目标基因进行“编辑”，包括对特定DNA片段的敲除、特异突变引入和定点DNA片段转入等，从而实现对基因组的精确修饰。我国在基因组编辑猪相关方面研究进展迅速，并获得了一系列农用、医用工程猪。科研人员通过基因操作将有利基因引入特定的位点，从而提高外源基因的稳定性和效率，改变动物的遗传特定，如提高动物的生产性能，最终育成满足人们需要的高产、优质、抗病动物新品种。此外，也可以对于一些负调控动物生长的基因进行修饰或敲除，培育出高产的转基因动物。

然而，人们在对猪肉产量要求提高的同时，越来越注重猪的培育方法对猪品质的作用，对人类健康的影响。由于科学界难以在短时间内证实转基因动物对人类的健康完全无副作用，以及广大群众对转基因动物的认知不足，人们对食用非转基因动物存在强烈的渴求，同时造成了非转基因食用动物价格高于转基因动物。

另一方面，除去基因组编辑技术，其他育种理论的实现同样需要对猪基因组的了解。然而，目前对猪基因组的了解和认识远远不足，对影响猪繁殖效率(包括猪产仔数和平均胎重等)的基因掌握尚不全面，有必要进一步进行研究，满足猪培育方法的需求。

因此，亟需建立一种全新的高繁殖效率猪的培育方法，以满足市场需求，提高经济效益，实现我国猪育种理论和技术水平的提升，实现我国猪种业的跨越式发展。

发明内容

本发明人进行了锐意研究，针对上述猪育种方法中存在的问题，通过在转录水平上对候选基因的定量，确定了HSD17B1基因对猪产仔性状的影响；同时通过全基因组关联分析的方法，丰富了影响猪繁殖效率的SNP位点；将转录水平和基因水平上影响特征相结合，提供一种用以提高猪的繁殖效率的多组学整合精准育种方法，该方法未采用基因组编辑手段，提高广大群众接受度，同时克服经典遗传育种理论只考虑DNA序列变异体对性状遗传变异影响的弊端，综合多层次遗传变异效应，从而完成本发明。

本发明的目的在于提供以下方面：

(1)猪多组学整合精准育种方法，其中，所述方法包括测定HSD17B1基因表达量、以及HSD17B1基因上SNP位点基因型的步骤。

在一种优选的实施方式中，通过测定猪HSD17B1基因mRNA的表达量，判定猪产仔性状：HSD17B1基因mRNA的表达量越低，猪具有更高的产仔数和/或窝重。

在一种优选的实施方式中，所述育种方法中通过获得猪卵巢组织或其他组织细胞的总RNA，经反转录、定量PCR确定猪HSD17B1基因mRNA的表达量；