[发明专利]一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及分子标记检测技术，具体公开了一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用，通过对绵羊第17号染色体上第71874104bp位点(XM_015101463.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)的核苷酸进行单核苷酸型检测，根据检测结果判定绵羊HIRA基因为纯合或杂合，并预测经产母羊窝平均产羔数。利用此方法可对组蛋白调节(histone regulation,HIRA)基因的SNP位点实现自动化检测。通过对绵羊HIRA基因型进行选择，可以将具有高产羔数性状的AG杂合个体和GG纯合个体选留下来，从而提高绵羊的繁殖力，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

产羔数性状是绵羊最重要的经济性状之一，因其受微效多基因控制且遗传力低，难以用常规育种方法来快速改良，而分子技术能有效快速地提高其遗传进展，因此鉴定与产羔数相关的主效基因或分子遗传标记是现代分子育种的关键。

HIRA基因位于绵羊17号染色体上，包含27个外显子，编码区总长3276bp，编码蛋白含1091个氨基酸,该基因在彩鲫、爪蟾、鸡、小鼠、人之间具有非常高的同源性。另外，组织特异性表达分析表明，该基因可能在维持卵巢功能方面发挥一定作用。Nashun等研究发现HIRA对于小鼠卵子发生过程中的转录调节和DNA甲基化作用有着非常关键的作用。

李卫等研究发现，HIRA基因在斑马鱼胚胎发育的不同时期表达水平不同，HIRA基因在斑马鱼成熟的卵中表达量较高，受精后30min 表达量迅速下降，到尾芽期其表达水平又有所恢复。HIRA基因在受精后其表达量低，可能是HIRA基因的mRNA用于胚胎早期发育所需的一些蛋白质的合成。有研究表明，在脊椎动物中，HIRA基因突变会导致胚胎发育不能完成。

郭秋红等和Wang等研究了HIRA基因在鱼类(银鲫和彩鲫)卵子发生和胚胎发育过程中的作用，以探讨其在鱼类卵子发生、胚胎发育和雌核发育中的调控作用。结果发现，HIRA蛋白在银鲫Ⅰ期卵母细胞中没有表达，在Ⅱ期卵母细胞的细胞质中有弱表达，在Ⅲ期早期卵母细胞的周边有强烈表达。而在彩鲫Ⅰ期卵母细胞中就有HIRA蛋白的弱表达，在Ⅱ期时HIRA蛋白在细胞质中大量表达，Ⅲ期早期卵母细胞的细胞质中有弱表达。HIRA mRNA和蛋白质在银鲫和彩鲫早期卵母细胞中有较强表达，且在银鲫和彩鲫卵子发生过程中没有显著差异，说明其可能对于脊椎动物卵子发生和减数分裂没有显著影响，而是在受精或胚胎发育过程中起作用。

然而，目前关于HIRA基因在绵羊繁殖过程中的具体作用研究几乎没有，通过对10个绵羊品种99个绵羊个体进行全基因组重测序并将其分为单羔组和多羔组，并通过Fst值计算获得了大量的有效SNP位点并筛选获得一些基因，其中包括HIRA基因。因此，对其进行研究有助于挖掘出更多与绵羊产羔数相关的分析标记。传统的基因型检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。

发明内容

本发明的目的是提供一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用，并提供了一种利用Sequenom 技术检测绵羊 HIRA基因型的方法。

本发明的技术方案如下：

本发明首先提供一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记，其含有一个与绵羊多羔相关的SNP位点，该位点位于绵羊第17号染色体上第 71874104bp位点(XM_015101463.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)，该位点的碱基存在A/G突变，与绵羊多羔具有显著的相关性。