[发明专利]提高数字PCR灵敏度的方法及其试剂盒有效
申请号: | 201710543861.8 | 申请日: | 2017-07-05 |
公开(公告)号: | CN108504728B | 公开(公告)日: | 2022-03-08 |
发明(设计)人: | 熊慧;高尚先;谢立群;陶慧卿;李云航 | 申请(专利权)人: | 上海睿昂生物技术有限公司;上海源奇生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6876 | 分类号: | C12Q1/6876;C12Q1/686 |
代理公司: | 北京和信华成知识产权代理事务所(普通合伙) 11390 | 代理人: | 胡剑辉 |
地址: | 201403 上海*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 提高 数字 pcr 灵敏度 方法 及其 试剂盒 | ||
1.一种提高数字PCR灵敏度的方法,其特征在于,至少包括以下步骤:
在线性范围内同比例富集检测样本中的待测基因突变位点的突变型基因序列和野生型基因序列,获得用于检测所述待测基因突变位点的富集模板,用于所述数字PCR检测;
设计引物对所述突变型DNA和所述野生型DNA进行扩增,扩增所述突变型DNA的引物和扩增所述野生型DNA的引物为相同的引物或扩增效率相近的引物;
所述引物由以下引物组组成:
组1:
由SEQ ID NO:1所示的用于扩增Braf基因野生型和突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:2所示的用于扩增Braf基因野生型和突变型模板的下游引物;
组2:
由SEQ ID NO:3所示的用于扩增Kras基因突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:4所示的用于扩增Kras基因突变型模板的下游引物;
由SEQ ID NO:5所示的用于扩增Kras基因野生型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:6所示的用于扩增Kras基因野生型模板的下游引物;
组3:
由SEQ ID NO:7所示的用于扩增EGFR基因G719X位点突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:8所示的用于扩增EGFR基因G719X位点突变型模板的下游引物;
由SEQ ID NO:15所示的用于扩增EGFR基因G719X位点与E19del位点野生型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:16所示的用于扩增EGFR基因G719X位点与E19del位点野生型模板的下游引物;
组4:
由SEQ ID NO:9所示的用于扩增EGFR基因E19del位点突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:10所示的用于扩增EGFR基因E19del位点突变型模板的下游引物;
组5:
由SEQ ID NO:11所示的用于扩增EGFR基因T790M位点野生型或突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:12所示的用于扩增EGFR基因T790M位点野生型或突变型模板的下游引物;
组6:
由SEQ ID NO:13所示的用于扩增EGFR基因L858R位点野生型或突变型模板的上游引物;
由SEQ ID NO:14所示的用于扩增EGFR基因L858R位点野生型或突变型模板的下游引物;
所述检测样本选自外周血;所述待测基因突变位点包括ctDNA、cfDNA和孕妇外周血的胎儿cfDNA中的待测基因突变位点;
所述富集的方法选自PCR;
采用PCR的条件为: 94℃条件下保温5min;以94℃条件下保温15 秒、60℃条件下保温25秒、72℃条件下保温40秒为一个循环,共循环8次;72℃条件下保温 5min。
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