[发明专利]使用新的杂交缓冲液用于检测染色体畸变的组合物和方法

说明书

本发明提供用于检测染色体畸变相关核酸序列的组合物和方法。本发明可以例如在杂交中不用甲酰胺或减少对甲酰胺的依赖性。用于本发明的组合物包含含水组合物，其含有至少一个核酸序列和足以变性双链核苷酸序列的有效量的至少一种极性非质子溶剂。

发明领域

本发明一般而言涉及用于在体内、体外和原位检测染色体畸变的组合物和方法。本发明还涉及用于杂交、尤其是用于原位杂交(ISH)的组合物，所述组合物包含用于检测特定核苷酸序列(包括正常序列和与染色体畸变和/或感染性疾病相关的序列)的分子探针和包含足以变性双链核苷酸序列的有效量的至少一种极性非质子溶剂的含水组合物。

在一个实施方案中，本发明涉及用于例如细胞学、组织学和分子生物学领域的分子探针，并涉及包含这种分子探针的试剂盒。在其它实施方案中，本发明涉及使用这种分子探针来检测染色体畸变或感染性疾病的方法，使用这种分子探针来诊断遗传缺陷或疾病状态的方法，以及使用这种分子探针来提供预后的方法。

背景和描述

许多病理性状态，先天性缺陷和后天性疾病，都与染色体畸变有关，例如扩增、非整倍性、潜在断点、插入、倒位、缺失、重复、重排和易位。此外，致病性感染通常会导致受感染生物体内存在感染性细菌、病毒或真菌的核酸序列。

通过基因组DNA、染色体、染色体片段或基因的体内、体外或原位分析，确定与先天性缺陷、后天性疾病或感染性病原体相关的核苷酸序列的存在与否，可有助于临床医生作出合适诊断。例如，脆性X精神发育迟缓-1(fragile X mental retardation-1，FMR1)基因的mRNA5′UTR(非翻译区)中的CGG三核苷酸重复序列的扩增允许临床医生诊断脆性X综合征。这种扩增导致基因转录沉默。然而，其它机制，例如FMR1的缺失和突变，也可能会导致脆性X综合征。其结果，基因产物FMRP不存在或数量减少而导致疾病，与扩增所导致的沉默和基因缺失是一样。由数目异常所导致的疾病的一个实例是唐氏综合征(Down Syndrome)，也称为三性体21(唐氏综合征个体具有3拷贝的染色体21，而不是2拷贝)。特纳氏综合征(Turner Syndrome)是单性体的一个实例，其中个体出生时就只有一条性染色体X。其它实例包括由染色体4部分缺失所致的Wolf-Hirschhorn综合征和也称为末端11q缺失症的Jacobsen综合征。某些综合征，例如Charcot-Marie-Tooth病1A型可因例如染色体17上编码周围髓鞘质蛋白22(PMP22)的基因重复而导致。在其它综合征例如罗伯逊易位(Robertsonian translocation)中，一条完整染色体与另一条在着丝粒处连接。罗伯逊易位仅发生在染色体13、14、15、21和22，罗伯逊易位的杂合载体的后代可能例如遗传不平衡的三性体21，而引起唐氏综合征。

通过基因组DNA、染色体、染色体片段或基因的体内、体外或原位分析，确定与先天性缺陷、后天性疾病或感染性病原体相关的核苷酸序列的存在与否，对于临床医生在已经诊断出疾病状态之后选择合适治疗进程而言，也是很有价值的。例如，HER2基因已扩增的乳癌患者可从Herceptin^TM(曲妥单抗，能识别HER2蛋白的单克隆抗体)治疗中受益。在另一个实例中，临床医生可选择给予EGFR基因已扩增的结直肠癌患者(西妥昔单抗)或Vectibix^TM(panitumumab)(特异性识别表皮生长因子受体(EGFR)的治疗性单克隆抗体)。

通过基因组DNA、染色体、染色体片段或基因的体内、体外或原位分析，确定与先天性缺陷、后天性疾病或感染性病原体相关的核苷酸序列的存在与否，也有助于临床医生提供预后。因此，TOP2A基因已扩增或缺失的乳癌患者比那些未扩增或缺失的患者而言，预后更差。

对核苷酸序列存在与否的检测通常需要通过杂交、或需要通过相对链上碱基间的氢键结合(A+T或G+C)的核苷酸双螺旋结构的稳定化，来识别序列。在杂交的基础实例中，核酸片段或序列与互补核酸片段或序列结合。通过杂交的检测通常涉及使用经设计可与核酸靶标例如DNA或RNA序列结合或“杂交”的核酸探针。