[发明专利]一种针对亚洲乳腺癌21基因检测方法在审
| 申请号: | 201710140287.1 | 申请日: | 2017-03-10 |
| 公开(公告)号: | CN108570492A | 公开(公告)日: | 2018-09-25 |
| 发明(设计)人: | 刘雷;侯文洪;魏卫卫;徐峰 | 申请(专利权)人: | 上海美迪维康生物科技有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/6851 | 分类号: | C12Q1/6851;C12Q1/6886 |
| 代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
| 地址: | 200135 上海市浦东新区*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 基因检测 乳腺癌 基因 实时荧光定量PCR 生物技术领域 癌症组织 技术检测 目的基因 医疗样本 运算公式 表达量 冰冻的 样本 采集 新鲜 评估 | ||
1.一种针对亚洲乳腺癌21基因检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1:样本采集
以标准的医疗样本采集流程收集冰冻的新鲜癌症组织样本;
S2:实时荧光定量PCR技术检测基因的表达量数值
选取目的基因共21个基因,包括16个肿瘤相关基因和5个参考基因,其中肿瘤相关基因包括:HER2相关基因有GRB7、ERBB2,雌激素相关基因有ESR1、PGR、BCL2、SCUBE2,增殖相关基因有BIRC5、MKI67、CCNB1、MYBL2、AURKA,侵袭相关基因有MMP11、CTSL2,另外还包括GSTM1、CD68、BAG1,对所选目的基因按照操作手册依次进行cDNA合成和实时荧光定量PCR,获得21基因表达量数值;
S3:风险值的计算
首先对基因表达值标准化处理,使基因表达值在0到15之间,其计算公式为:
genex=(xi-Mingene)*15/(Maxgene-Mingene)
genex表示标准化后到值,xi表示实验测出来的表达值,Mingene是此基因在已有患者中的最小表达值,Maxgene是此基因在已有患者中的最大表达值;
根据上述步骤计算复发风险值,计算各组别算法如下:
HER2分组值=0.9*GRB7+0.1*HER2,如果结果小于8,把分值设为8;
雌激素相关基因分值=(0.8*ESR1+1.2*PGR+BCL2+SCUBE2)/4;
增殖相关基因组分值=(BIRC5+MKI67+MYBL2+CCNB1+AURKA)/5,如果结果小于6.5,把分值设为6.5;
侵袭相关基因组分值=(CTSL2+MMP11)/2,其中各基因名代表此基因表达量;
未矫正的复发风险值设为RSU,由以下公式推导:
RSU=+0.47*HER2分组值-0.34*雌激素相关基因分值+1.04*增殖相关基因组分值+0.10*侵袭相关基因组分值+0.05*CD68-0.08GSTM1-0.07*BAG1;
矫正的复发风险值设为RS_R,由以下公式推导:
如果RSU在0和100范围内,RS_R=20*(RSU);
如果RSU小于0,RS_R=0;
如果RSU大于100,RS_R=100;
最终的复发风险值设为RS,由以下公式推导:
如果RS_R小于18,RS=0;
如果RS_R在18和31范围内,RS=0.5;
如果RS_R大于31,RS=1;
结果评估:RS为0,属于低风险范围,复发风险低,化疗获益小;RS为1属于高风险范围,复发风险高,化疗获益高;RS为0.5属于中风险范围;RS_R值越大,平均远处复发率越高。
2.根据权利要求1所述的一种针对亚洲乳腺癌21基因检测方法,其特征在于,所述步骤S2中进行实时荧光定量PCR技术检测前设置RNA质检。
3.根据权利要求1所述的一种针对亚洲乳腺癌21基因检测方法,其特征在于,所述步骤S2中进行实时荧光定量PCR技术检测前设置cDNA质检。
4.根据权利要求1所述的一种针对亚洲乳腺癌21基因检测方法,其特征在于,所述步骤S2中的参考基因为ACTB、GAPDH、RPLPO、GUS、TFRC。
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