[发明专利]用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途

说明书

技术领域

本发明涉及通过高通量测序筛选基因标志物的领域。具体地，本发明涉及通过高通量测序对肠癌和/或胃癌的基因标志物进行筛选的方法，以及利用该方法筛选出的基因标志物及其用途。

背景技术

随着生活环境和习惯的改变，近些年来癌症的发病率在世界范围内逐年升高，人们对其关注也随之增加。胃癌和肠癌分别是我国第二大和第三大高发癌，属于发病率和病死率都非常高的恶性肿瘤，它们的发生和发展是一个多因素参与和多阶段累积致癌的复杂过程。本着现有通行的癌症早发现早治疗方案，越早期发现，越有可能早期控制甚至治愈癌症。如何对胃癌和肠癌进行早期诊断，及时治疗，正确地判断预后，逐渐受到人们重视。

传统筛查方法有胃肠镜检查和大便隐血试验，但都有自身不可克服的缺点。胃肠镜加病理活检被认为是胃肠癌症筛查和诊断的金标准，但是因为镜检的侵入性和肠道准备的不适，很多病人不愿意接受肠胃镜检查。最近有研究表明肠镜对右侧结肠内常见的扁平息肉的诊断效果不好，肠镜筛查并不能降低右侧结肠癌的发病率。大便隐血试验是另一种临床上常用的大肠癌筛查方法，该法有完全无创和廉价等优点，但是其检测肿瘤的准确性低，通过免疫化学的改进方法也仅能检测到50-60％的大肠癌和30％左右的癌前腺瘤。并且，该检测方法假阳性率较高，故很难得到推广和普及。

除以上传统筛查方法以外，人们还在不断探索其他方法，以提高早期诊断率，肿瘤标志物是其中之一。例如，通过DHPLC分析发现T1151A作为错配修复基因hMLH1上的一个多态位点，可作为胃及大肠肿瘤，尤其是低龄胃及大肠肿瘤高危人群筛选的候选指标(参见张晓梅等，《肿瘤》，2005，25(1)：62-65)。采用CA19-9(糖类胃肠癌相关抗原)和SA(唾液酸)的肿瘤标志物联合检测对结/直肠癌和胃/贲门癌的检测阳性率分别可以达到76.7％和82.5％(参见蔡发成等，《实用医技杂志》，2005，12(3B)：722-723)。此外，我国还开发了C12蛋白芯片检测系统，通过分析血清中CA19-9、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、癌胚抗原(CEA)、糖原242(CA242)、糖原125(CA125)、糖原153(CA15-3)、甲胎蛋白(AFP)、铁蛋白、人绒毛膜促性腺激素(HCG)、人生长激素(HGH)中这十种肿瘤标志物的表达水平，以实现肿瘤的早期诊断和监测。然而，大多数发现的肿瘤标志物还停留在研究阶段，并没有发展到临床诊断阶段；或者已经应用在临床诊断上，但检测准确度或灵敏度不高。例如，研究发现，上述C12系统对胃肠癌患者的总体诊断率为39.21％，I、II、III、IV期患者的诊断率分别为13.73％、33.33％、38.30％、58.03％，表明C12检测系统对晚期胃肠癌的诊断有一定的价值，但对早期的敏感性不高(参见杨雪琴等，《南京医科大学学报(自然科学版)》，2008(10)：1285-1289)。

近期，在现有常规基因标记物的基础上又发展了另外两种肠癌的体外诊断方法：来自美国Exact Sciences公司的Cologuard技术和来自Epigenomics公司的Epi proColon技术。前者主要检测粪便中的异常DNA变化及人类粪便中存在的潜血红蛋白；后者检测血液游离DNA中的SEPT9甲基化标记物。大规模临床实验表明，Cologuard的检出率效果较好，但需要操作粪便，用户体验较差；而SEPT9甲基化属于液体活检，虽然用户体验较好，但是特异性和灵敏度都较差(分别为80％和72％)。

因此迫切需要具有高特异性和高灵敏度并可供临床检测使用的胃肠癌的基因标志物，使能够以无创或微创、快捷的方法有效诊断胃肠癌，以改善病人接受长期监测的意愿。

发明内容

发明人通过对正常样品和肠癌或胃癌样品进行高通量测序，并对其中各基因上的5-羟甲基胞嘧啶(5-hmC)含量进行分析，出乎意料地发现了多个极具信息的可用于检测肠癌或胃癌的基因标志物。