[发明专利]分子质量保证方法在测序中的应用

权利要求书

1.一种确定核酸模板复杂度的方法，包括：

i)提供一个核酸模板；

ii)提供多个引物对，其包括第一引物和第二引物，其中所述第一引物包括与所述核酸模板的一部分互补的序列，所述第二引物包括与所述核酸模板的互补序列的一部分互补的序列；

iii)将代码连接到所述第一引物的5’末端、所述第二引物的5’末端或两者之上，以形成代码-引物分子，或将代码连接到所述核酸模板上以形成代码-模板分子；

iv)用所述配对的代码-引物分子和核酸模板，或用所述引物对和代码-模板分子进行确定循环数的扩增反应，以获得扩增反应产物；

v)在每个循环结束时、在确定的循环数结束时，或在任一中间的循环数时，获得扩增反应产物的序列；

vi)在每个循环结束时、在确定的循环数结束时、或在任一中间的循环数时，确定扩增反应产物中每个代码的丰度；

vii)确定每个循环所观测到的代码熵；以及

viii)将观测到的代码熵与估算的代码熵进行比较，来确定核酸模板的复杂度。

2.一种识别真正的序列变体的方法，包括：

i)提供一个核酸模板；

ii)提供多个引物对，其包括第一引物和第二引物，其中所述第一引物包括与所述核酸模板的一部分互补的序列，所述第二引物包括与所述核酸模板的互补序列的一部分互补的序列；

iii)将代码连接到所述第一引物的5’末端、所述第二引物的5’末端或两者之上，以形成代码-引物分子，或将代码连接到所述核酸模板上，以形成代码-模板分子；

iv)用所述配对的代码-引物分子和核酸模板，或用所述引物对和代码-模板分子进行确定循环数的扩增反应，以获得扩增反应产物；

v)在每个循环结束时、在确定的循环数结束时、或在任一中间的循环数时，获得扩增反应产物的序列；

vi)在每个循环结束时、在确定的循环数结束时、或在任一中间的循环数时，确定扩增反应产物中每个代码的丰度；

vii)确定每个循环所观测到的代码熵；以及

viii)根据步骤vi)和vii)的结果，应用监督分类方法来识别真正的序列变体。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述真正的序列变体是低发的序列变体。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述核酸模板是DNA模板。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述代码-引物分子或所述引物进一步连接到接头序列上。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中不同的代码连接到所述引物对中的每个引物上，或相同的代码连接到所述引物对中的每个引物上。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述代码随机地连接到所述核酸模板上。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中通过香农熵、辛普森指数或任何其他多样性指数来计算所述观测到的代码熵。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述代码存在于非均匀池中。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述代码存在于均衡池中。