[发明专利]大豆微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法

说明书

本发明公开了一种大豆微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法。所述开发方法包括：获得混合样本；提取混合样本的基因组；将基因组片段化，获得基因组片段；利用探针组分别与基因组片段进行杂交；纯化多个杂交溶液中成功杂交的基因组片段；将多个所述纯化的杂交基因组片段混合后，利用高通量测序检测所述纯化的基因组片段；获得有效的所述高通量测序片段；将所述有效的高通量测序片段进行分类。所述检测方法包括：选择待检测的微卫星标记位点；利用多重扩增引物扩增所述待检测的微卫星标记位点内的微卫星标记，获得所述微卫星标记位点内的微卫星标记的长度。上述方法简单、快速、全面且准确。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种大豆微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法。

背景技术

微卫星标记又称短串联重复序列(short tandem repeats，STR)或简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)，指由2个以上核苷酸为重复单元串联重复构成。微卫星标记位点指的是在基因组上含有微卫星标记的座位，微卫星标记位点在基因组上数量丰富且均匀分布，微卫星标记位点的开发指的是寻找基因组上的微卫星标记位点的过程。不同样本中，同一个微卫星标记位点内的微卫星标记的重复单元的重复次数可能不同，在样本间存在长度变异，因此微卫星标记位点的多态性主要指同一个微卫星标记位点的不同微卫星标记的长度多态性。微卫星标记检测技术指的是检测微卫星标记位点中的微卫星标记的长度的技术。不同样本的微卫星标记的长度多态性可以用来对样本的身份进行鉴定，因此，微卫星标记技术的应用十分广泛，包括生物多样性鉴定、动植物品种指纹身份证鉴定等等。

传统的大豆微卫星标记位点的开发与检测包括以下步骤：基因组提取、基因组片段化、连接接头、扩增、与简单重复序列杂交、纯化杂交产物、杂交产物克隆、克隆产物大肠杆菌转化、挑取单克隆、对每一个单克隆的目标位点进行一代测序、分析测序结果获得微卫星标记位点、在多个大豆样本中检验微卫星标记位点的多态性、开发出多态性高的微卫星标记位点、逐一扩增并电泳检测每一个待检测的样品中的每一个待检测的微卫星标记位点中的微卫星标记。

在实现本发明的过程中，发明人发现现有技术至少存在以下问题：

大豆微卫星标记位点的开发与检测流程复杂、通量低、极其耗时费力；其次，微卫星标记位点的电泳检测的分辨率低，检测结果不准确，准确的结果需要参考样本等进行校正。由此派生的问题包括：开发出来的微卫星标记位点少，通常200个以内，占基因组上所有微卫星标记位点的1％左右；用于检验微卫星标记位点多态性的大豆样本也少，通常在数十个左右，因此多态性检证结果不准确；微卫星标记位点的侧翼序列保守性未知，影响扩增微卫星标记位点的引物的通用性；检测的微卫星标记位点的数量有限，一般在一个待检测的样品中检测数十个微卫星标记位点，导致建立的样本的DNA身份证信息不完整、不准确。

发明内容

为了解决现有技术的问题，本发明实施例提供了一种大豆微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法。所述技术方案如下：

一方面，本发明实施例提供了一种大豆微卫星标记位点开发方法，所述方法包括：

将n个具有多态性的大豆样本等质量混合，获得混合样本，其中n＞1；

提取所述混合样本的基因组；

将所述混合样本的基因组片段化，获得基因组片段；

将多个具有简单重复序列的探针作为探针组，利用所述探针组中的每个探针分别与所述基因组片段进行杂交，获得多个杂交溶液，对多个所述杂交溶液中成功杂交的基因组片段分别进行纯化，得到多个纯化的杂交基因组片段；

将多个所述纯化的杂交基因组片段等质量混合后，利用高通量测序检测混合后的所述纯化的杂交基因组片段，获得第一高通量测序片段；