[发明专利]检测白血病二氢叶酸还原酶融合基因的方法、引物及试剂盒在审

专利信息
申请号: 201610910279.6 申请日: 2016-10-12
公开(公告)号: CN107345243A 公开(公告)日: 2017-11-14
发明(设计)人: 马东礼;刘孝荣;麦惠容;蔡德丰;肖伟伟;曹科;姜含芳 申请(专利权)人: 深圳市儿童医院
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68;C12N15/11;C12M1/00;C12M1/34
代理公司: 深圳市中原力和专利商标事务所(普通合伙)44289 代理人: 谢芝柏
地址: 518000 广东*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 检测 白血病 二氢叶酸还原酶 融合 基因 方法 引物 试剂盒
【权利要求书】:

1.引物对和探针组合,其特征在于,包括两组引物对和两条探针;

所述两组引物对包括第一引物对和第二引物对;

所述两条探针包括第一探针和第二探针,所述第一探针与第一引物对相对应,所述第二探针与第二引物对相对应;

所述第一引物对包含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列,所述第一探针包含SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列;

所述第二引物对包含SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列,所述第二探针包含SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的引物对和探针组合在筛选治疗白血病的药物中的应用。

3.一种试剂盒,其特征在于,包括权利要求1所述的引物对和探针组合。

4.根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于,还包括荧光定量PCR扩增试剂;

任选的,所述荧光定量PCR扩增试剂包括来自Roche公司的货号为#6402682001的FastStart Essential Probes Master试剂盒中的试剂FastStart Essential Probes Master Mix(2×)。

5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,还包括总RNA提取试剂;

任选的,所述总RNA提取试剂包括红细胞裂解液、TRIZOL、氯仿、异丙醇和乙醇中的至少一种;

任选的,还包括逆转录试剂;

任选的,所述逆转录试剂包括来自北京全式金生物技术有限公司的货号为AU311-03的TransScript-Uni One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix Kit中所包含的试剂。

6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,还包括阳性对照、阴性对照和空白对照;

任选的,所述阳性对照为含有二氢叶酸还原酶融合基因和GAPDH内参基因的溶液;所述阴性对照为不含二氢叶酸还原酶融合基因但含有GAPDH内参基因的溶液;所述空白对照为生理盐水或去离子水。

7.权利要求3至6中任一项所述的试剂盒在筛选治疗白血病的药物中的应用。

8.一种筛选治疗白血病的药物的方法,其特征在于,包括:

提取从白血病患者分离出的生物样品中的核酸样本;

采用权利要求1所述的引物对和探针组合对所述核酸样本进行荧光定量PCR反应;

以及基于荧光定量PCR反应的结果,判断所述白血病患者对应的药物治疗是否适用;

任选的,所述提取所述生物样品中的核酸样本是从生物样品中提取RNA样本,然后对所述RNA样本进行逆转录反应,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本;

任选的,判断所述白血病患者对应的药物治疗是否适用的标准为:

当荧光定量PCR反应的结果显示二氢叶酸还原酶融合基因呈阳性时,则表示不适用甲氨蝶呤的药物治疗;当荧光定量PCR反应的结果显示二氢叶酸还原酶融合基因呈阴性时,则表示适用甲氨蝶呤的药物治疗。

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于:

所述荧光定量PCR反应的反应体系如下:

所述FastStart Essential Probes Master Mix(2×)为Roche公司的货号为#6402682001的FastStart Essential Probes Master试剂盒中的试剂;

任选的,所述荧光定量PCR反应的程序如下:95℃10min,1个循环;95℃10s,60℃30s(收集荧光),45个循环;40℃10s,1个循环。

10.一种筛选治疗白血病的药物的系统,其特征在于,包括:

核酸提取装置,所述核酸提取装置用于提取从白血病患者分离出生物样品中的核酸样本;

荧光定量PCR装置,所述荧光定量PCR装置与所述核酸提取装置相连,适用于采用权利要求1所述的引物对和探针组合对所述核酸样本进行荧光定量PCR反应;以及

判断装置,所述判断装置与所述荧光定量PCR装置相连,以便基于荧光定量PCR反应的结果,判断所述白血病患者对应的药物治疗是否适用。

任选的,所述核酸提取装置进一步包括:

RNA提取单元,所述RNA提取单元用于从生物样品中提取RNA样本;

以及逆转录单元,所述逆转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行逆转录反应,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。

任选的,判断所述白血病患者对应的药物治疗是否适用的标准为:

当荧光定量PCR反应的结果显示二氢叶酸还原酶融合基因呈阳性时,则表示不适用甲氨蝶呤的药物治疗;当荧光定量PCR反应的结果显示二氢叶酸还原酶融合基因呈阴性时,则表示适用甲氨蝶呤的药物治疗。

任选的,所述荧光定量PCR反应的反应体系如下:

所述FastStart Essential Probes Master Mix(2×)为Roche公司的货号为#6402682001的FastStart Essential Probes Master试剂盒中的试剂。

任选的,所述荧光定量PCR反应的程序如下:95℃10min,1个循环;95℃10s,60℃30s(收集荧光),45个循环;40℃10s,1个循环。

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