[发明专利]一种用于检测ALK融合断裂点的探针组及试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于基因检测及分子遗传学领域，具体涉及一种用于检测ALK融合断裂点的探针组及试剂盒。

背景技术

ALK融合基因是非小细胞肺癌(NSCLC)患者接受靶向治疗中重要的依据。ALK阳性的NSCLC虽然仅占全部NSCLC的5％，但是每年新发病例数在中国仍接近30,000例。同时，ALK融合基因可发生多个位点的断裂，同时其可以和多种基因发生融合，根据断裂点的不同可区分为许多种，为检测带来了极大的困难。为了准确检测ALK融合基因以及利用基因捕获加二代测序技术，检测ALK融合基因。综上所述，本发明提供了一种检测ALK融合的捕获探针组及试剂盒。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于检测ALK融合断裂的捕获探针组及其试剂盒，所述探针组包含能特异性捕获ALK全外显子的探针。可以全面、快速、准确的检测ALK融合及断裂。

一方面，本发明提供一种用于检测ALK融合断裂的探针组，所述探针组包含230个寡核苷酸探针，所述230个寡核苷酸探针的碱基序列如SEQIDNo.1-230所示。

另一方面，本发明提供一种用于一种检测ALK融合断裂的试剂盒。所述试剂盒包括：本发明所述的用于ALK融合断裂检测的探针组、富集缓冲液BL、富集缓冲液HY、文库富集结合缓冲液、洗涤缓冲液WB1、洗涤缓冲液WB2、文库富集洗脱液、缓冲液NE、PCR反应液、产物纯化洗脱液。

本发明所提供的检测ALK融合断裂序列的操作过程，包括以下几个步骤：

(1)设计相应的捕获探针

(2)DNA提取、片段化及构建DNA文库

(3)文库目标区域捕获及定量

(4)新一代基因测序

(5)基因序列的生物信息分析

(6)肿瘤基因的突变信息分析

优选的，本发明提供一种对ALK融合基因进行全基因深度捕获并高通量测序，找到断裂点的方法。进一步针对断裂点设计个性化引物进而对预后进行监测。具体为：从待测样本中提取DNA进行ALK基因的捕获，进行新一代测序分析，序列分析ALK基因，找出ALK融合基因以及断裂点的位置；设计个性化的引物去扩增ALK基因融合位置，检测样本血液中的融合基因所占比例，对预后进行监测。

更优选的，本发明提供一种对ALK融合基因进行捕获的方法，具体捕获过程包括：对待检测DNA全基因组进行随机打断成200-300bp大小的片段后，部分片段同时含有ALK和其融合基因的序列；迈基诺公司拥有ALK外显子的捕获探针SEQIDNo.1-230，该探针进一步修饰后携带生物素标记，并能特异性杂交ALK相关的序列，因此含有ALK和其融合基因的序列通过探针上生物素与磁珠的结合，被特异性杂交下来；将不含ALK的序列洗涤除去后；通过对融合片段进行左端100bp，右端100bp测序可以发现，如果右边是ALK序列，而左端序列为于其他基因上，则能够判断出ALK融合的基因类型。

本发明具有以下有益效果：

1、本发明涉及了可进行快速准确捕获ALK融合基因序列的探针组，能够提高检测特异性，对捕获出目标区域的文库标本利用高通量测序技术使用HiSeq2000测序，通量高、准确度高、成本低。

2、本发明灵敏度高，并由于该方法是以DNA文库的方式进行捕获测序，因此，样品DNA的部分降解对最后的结果几乎不会产生影响，而过量的探针，保证了对目标片段的完全捕获，所以，即使可能出现的某些丰度较低的变异DNA也能被捕获并检测出来，其灵敏度相对于传统的Sanger测序要高出许多。为全面检测准确的进行ALK融合基因序列检测提供了更好的平台。

具体实施方式

以下通过实施案例对本发明作进一步阐述。

实施例1：本发明探针组的设计和制备