[发明专利]一种猪MITF基因突变的检测方法

说明书

本发明提供了一种猪MITF基因突变的检测方法，其特征在于，包括：1)通过PCR扩增猪MITF基因的外显子；所述猪为具有全身白化和听力缺失的表型的广西巴马小型猪；2)判断猪MITF基因的第8号外显子上是否存在C.80TC的单核苷酸碱基突变；其中，步骤2)是通过选自DNA直接测序、杂交测序、酶切测序、DNA芯片技术、变性高效液相色谱中的一种或多种方法实现的；所述检测方法不用于疾病的诊断和治疗目的。本发明的方法可以用于建立人类waardenburg综合征的动物模型，以及筛选或制备治疗人类waardenburg综合征的药物。同时，为建造人类听力疾病模型提供基因工程技术帮助。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种导致猪白化和听力缺失的基因突变的检测方法。

背景技术

MITF(Microphthalmia-associtated transcription factor)是小眼畸形相关转录因子，MITF蛋白属于Tfe转录因子超级家族的成员，具有典型的基本螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链(basic helix-loop-helix leucine zipper，bHLH-Zip)结构。MITF蛋白能够形成同源二聚体或与Tfe3、TfeB、TfeC形成异源二聚体，从而结合以“CANNTG”为核心的E-盒或M-盒序列，起到调控目标基因转录表达的作用。在小鼠的眼发育形成过程中，如果MITF丧失了正常功能，将导致眼裂减小，或导致成年时的小眼畸形。另外，在神经嵴细胞定向分化发育成黑色素细胞过程中，MITF参与了其分化，MITF突变将导致皮肤着色的改变。人类的MITF基因突变会引起Waardenburg 2A型综合症和Tietz综合症，两者均为常染色体显性遗传疾病，表现为皮肤色素减退、虹膜色素异常和听觉神经性耳聋等症状。

小鼠的MITF基因定位于6号染色体的6qD3上，基因组全长约为211.7kb；人类的Mitf基因定位于3号染色体的3p14.1上，基因组全长约为228.9kb。它们均由9－10个外显子构成，而且都存在多个不同转录本。NCBI的GenBank中，小鼠至少有9种不同的MITF转录本:MITF-A，-A1，-A2，-H，-H1，-H2，-H3，-M和-M1，编码的MITF蛋白的氨基酸长度从349aa变化到526aa；人类也存在10种不同的MITF转录本:MITF-A1，-A2，-B1，-B2，-C1，-C2，-H1，-H2，-M1和-M2，编码的MITF蛋白的氨基酸长度从413aa变化到526aa。在这些不同转录本中，外显子2～9或3～10都同源。

目前有关猪MITF基因的SNP检测偶见报道，但基本局限在个别外显子的单个碱基突变，并没有发现与导致猪白化和听力缺失相关的突变。然而，建立用于研究人类Waardenburg 2A型综合症和Tietz综合症的猪模型，亟需确定导致猪产生相同症状的突变位点。

发明内容

针对上述行业和市场的需要，本发明在研究中发现猪MITF基因c.740TC碱基突变导致猪白化和听力缺失，从而提供一种猪MITF基因突变的检测方法，有助于研究猪MITF基因的分子结构、功能以及分析猪相关毛色基因的遗传学和进化。

本发明提供了一种猪MITF基因突变的检测方法，其包括：

1)通过PCR扩增猪MITF基因的外显子；所述猪为具有全身白化和听力缺失的表型的广西巴马小型猪；

2)判断猪MITF基因的第8号外显子上是否存在C.80TC的单核苷酸碱基突变；

其中，步骤2)是通过选自DNA直接测序、杂交测序、酶切测序、DNA芯片技术、变性高效液相色谱中的一种或多种方法实现的。

所述检测方法不用于疾病的诊断和治疗目的。

在根据本发明的一个实施方案中，步骤1)中所述PCR的引物包含序列为SEQ IDNO:15的正义引物和序列为SEQ ID NO:16的反义引物。