[发明专利]一种鉴定白菜A09染色体上的抗病毒病QTL—BrTuA09的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定白菜病毒病TuMV‑C4小种抗性的、定位于A09染色体的SNP分子标记及其应用。本发明的SNP分子标记由序列2所示的单链DNA分子、序列3所示的单链DNA分子和序列4所示的单链DNA分子组成。通过对92个单株组成的BC1群体对分子标记的验证结果显示：该SNP分子标记的选择准确率在85％以上，可用于分子标记辅助育种，并为进一步定位和克隆基因奠定了良好的基础。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定白菜A09染色体上的抗病毒病QTL—BrTuA09的分子标记及其应用，可用于病毒病TuMV-C4小种的抗性鉴定。

背景技术

大白菜(Brassica rapa L.ssp.Pekinensis)是我国重要的经济作物之一，病毒病严重威胁大白菜的产量和质量，平均每年可造成5％～10％的产量损失，流行年份发病率可达80％，甚至绝收。目前尚无有效药剂及控制技术，培育抗病品种成为最有效的防治措施。随着分子生物学和生物信息学的不断发展，发掘与分离不同来源的抗性主效QTL，并通过分子设计育种进行高效聚合，选育稳定、持久抗病品种，成为保证大白菜安全无污染生产的有效途径之一。

病毒病对多种芸薹属作物危害严重，挖掘与抗性基因或QTL连锁的分子标记在加速分子标记辅助育种方面极为重要。在国外Rusholme以DH群体为材料定位到两个QTL，位于A6连锁群的TuRB01b和位于R4连锁群的retr01；Fujiwara(2011)将Rnt1定位在A6连锁群上；近期Jin(2014)在A6连锁群上定位了一个抗TuMV-C4的QTL-TuRB07，并获得候选基因。国内屈淑平(2008)在大白菜上检测到4个抗TuMV-C3的QTL位点；韩和平(2004)发现了一个与TuMV-C5抗性相关的显性标记；张俊华等(2008)报道了4个抗TuMV-C3的QTL；张晓伟等(2009)发现3个抗TuMV-C4的QTL位点；Zhang(2008)通过研究，在一张包含376个分子标记的遗传图谱上，发现了4个与大白菜抗TuMV-C4相关的QTL。

研究表明分子标记在目标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因、基因聚合和品种鉴定等方面的应用越来越广泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点。该方案的核心是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(Insertions and Deletions，插入和缺失)，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。

发明内容

本发明的第一个目的是提供了一种鉴定或辅助鉴定待测白菜品种对病毒病TuMV-C4小种抗性的方法。

本发明提供的鉴定或辅助鉴定待测白菜品种对病毒病TuMV-C4小种抗性的方法是检测待测白菜的基因型是CC基因型还是TT基因型还是TC基因型，根据所述白菜的基因型确定所述白菜品种对病毒病TuMV-C4小种的抗性：TT基因型的白菜品种对病毒病TuMV-C4小种的抗性为感病，TC基因型的白菜品种和CC基因型的白菜品种对病毒病TuMV-C4小种的抗性为抗病；

所述CC基因型为白菜A09染色体上第9805885位的核苷酸为C的纯合体；

所述TT基因型为白菜A09染色体上第9805885位的核苷酸为T的纯合体；

所述TC基因型为白菜A09染色体上第9805885位的核苷酸为C和T的杂合体。

上述方法中，所述检测待测白菜的基因型是CC基因型还是TC基因型的方法为如下A)或B)：

A)直接测序白菜的基因组DNA；