[发明专利]基因组结构绘图

权利要求书

1.一种确定在包含核酸的细胞隔室中多个核酸基因座的空间接近性的方法，其中所述细胞隔室源自细胞，所述方法包括以下步骤：

(a) 根据在隔室中核酸基因座的定位，通过低温切片每个隔室以得到包含多于180个级分的级分群，使核酸基因座彼此分离，其中所述级分群获自多个相同类型的隔室，并且其中生成的切片具有70 nm至1000 nm的厚度；

(b) 通过测序确定在所述级分中存在或不存在多个基因座；和

(c) 确定所述多个基因座的共分离，其中通过使用推理统计方法分析共分离来确定核酸基因座的空间接近性；

在进行步骤(a)之前，其中通过玻璃化保存细胞超微结构或者其中将核、细胞、组织或整个有机体用交联剂处理，

并且其中所述方法不需要对初始存在于隔室中的核酸的限制消化或核酸之间的连接。

2.根据权利要求1的方法，其中所述隔室是真核生物的核并且从切片分离单一核分布图。

3.根据权利要求1的方法，其中所述核酸为DNA和/或RNA。

4.根据权利要求1的方法，其中所述核酸为DNA。

5.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中所述隔室为真核细胞的核、线粒体或原核细胞。

6.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中在步骤(a)之前用甲醛进行交联。

7.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中在步骤(a)中的所述分离通过超低温切片所述隔室进行。

8.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中在步骤(a)中，将一个隔室分隔成为5-300个级分。

9.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中在步骤(a)中，将一个隔室分隔成为40-60个级分。

10.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中所述多个基因座为在所述隔室中两个基因座至所有核酸基因座。

11.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中所述方法允许检测至少三个共分离基因座。

12.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中使用测序方法确定存在或不存在所述多个基因座。

13.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中通过下一代测序，确定存在或不存在所述多个基因座。

14.根据权利要求1-4中任一项的方法，其中当它们以高于由在染色体上它们的线性基因组距离预期的频率共分离时，确定基因座在空间上接近。

15.前述权利要求中任一项的方法用于以下的用途：

(a) 确定多个基因座之间的物理距离；

(b) 绘图在所述隔室中的基因座和/或基因组结构；

(c) 确定多个基因座之间的相互作用的可能性；

(d) 确定基因座或染色体在所述隔室中的外周或中心位置；

(e) 分析选自以下的不同的功能元件的相互作用：涉及转录的启动子、增强子，RNA、转座因子、转录因子结合位点、基因体、剪接信号；

(f) 鉴定调节特定基因表达的调节区；

(g) 对染色体重排进行绘图；

(h) 确定染色质压实；和/或

(i) 鉴定在与内源基因座相互作用的外源核酸上的基因座。