[发明专利]从生物技术产物中除去DNA的方法

说明书

本发明涉及用于降解通过微生物发酵或生物转化获得的样品中的DNA的方法，包括采用升高的温度和低pH组合处理样品。本发明也涉及用于从微生物细胞释放DNA的方法，包括在45℃至55℃的温度下温育微生物细胞2至10小时。最后，本发明提供用于产生产物的方法，包括从微生物细胞释放DNA并且降解DNA的步骤。

技术领域

本发明涉及用于降解微生物发酵或生物转化获得的样品中的DNA的方法，包括采用升高的温度和低pH的组合处理该样品。本发明也涉及用于从微生物细胞释放DNA的方法，包括在45℃至55℃的温度下温育微生物细胞2至10小时。最后，本发明提供用于生产产物的方法，包括从微生物细胞释放DNA并且降解该DNA的步骤。

背景技术

在发酵和生物转化方法中，使用原核细胞和/或真核细胞的代谢活动来生产物质，例如啤酒、葡萄酒和生物乙醇、L-谷氨酸、柠檬酸和乳酸、不同的抗生素、酶、类固醇和芳香成分。

通过发酵或生物转化获得的产物可能包含来自用于该方法中的细胞的DNA。在一方面，纯化胞内产物需要破裂细胞，在细胞破裂以后，包含DNA的胞内化合物释放到液体培养基中，甚至在几个进一步的纯化步骤以后，残留的DNA可能保留在产物中。另一方面，即使在发酵或生物转化以后-在发酵或生物转化方法期间，仅仅通过细胞裂解和释放DNA，使用用于除去细胞的有效的分离步骤，胞外产物也可能包含残留的DNA。

对于通过发酵或生物转化获得的仍然包含DNA的产物，与不包含残留DNA的那些产物相比较，控制要求可能更加严格。例如对于通过发酵基因修饰的微生物(GMM)而获得的食物和饲料产物，在产物中不存在GMM和新引入的基因，对于其用于风险评估目的的分类具有直接影响(EFSA(2011)The EFSA Journal 9(6)：2193)。新引入基因的缺失将会由跨越有关靶基因的完整(complete)编码序列的PCR显示(EFSA(2011)The EFSA Journal 9(6)：2193)。

因此，从控制的观点出发，导致不存在来自产物的完整基因的可靠且经济的DNA碎裂(fragmentation)方法是特别有益的。

用来实现DNA碎裂的几种方法是已知的并且被描述在科学文献中，其包括酶催化DNA降解或化学DNA降解(Anderson(1981)Nucleic Acids Res.9：3015-3027；Roe(2004)Methods Mol.Biol.255：171-187；Bauer等人(2003)Eur.Food Res.Technol.217：338-343；Poirier(2004)Nature Rev.Cancer4：630-637)、剪切力(hydrodynamic shearing(Joneja和Huang(2009)Biotechniques46：553-556；Thorstenson等人(1998)Genome Res.8：848-855)、超声处理(Deininger(1983)Anal.Biochem.135：247-263)、雾化(Burger等人(2007)Nat.Protocols2：603-614))、氧化攻击(Aronovitch等人(1991)FreeRadic.Res.Commun.12-13：499-508)、辐射(Rastogi等人(2010)Journal of NucleicAcids；Yang和Hang(2013)J.Biomol.Tech.24：98-103)和自由基(Dizdaroglu和Jaruga(2012)Free Radic.Res.46：382-419)。

然而，对于这些方法中的一些，例如应用剪切力，需要外加设备，这使得总的方法更加复杂和昂贵。进一步，当使用化学DNA碎裂或酶催化的DNA碎裂，必须在碎裂步骤以后除去酶或化合物。

因此，仍然需要一种从生物技术生产的产品中除去DNA的简单方法，这种方法不会影响产品产量和产品质量。

本发明提供用于从生物技术生产的产物中除去DNA的方法，其可靠地导致在产物中不存在完整基因，同时使产物损失减到最小。

发明概述