[发明专利]用于预测克雷伯菌属物种对抗微生物剂抗性的遗传测试

权利要求书

1.一种确定患者是否感染对抗微生物药如抗生素治疗具有潜在抗性的克雷伯菌属物种的诊断方法，其包括以下步骤：

a)获得或提供来自所述患者的含有或怀疑含有至少一种克雷伯菌属物种的样品；

b)确定在来自以下基因之组的至少两个基因中至少一个突变的存在：

parC，KPN_01607，gyrA，KPN_02451，baeR，aceF，ybgH，

ynjE，KPN_01951，KPN_01961，KPN_02114，mhpA，KPN_02128，

KPN_02144，KPN_02149，ydiJ，btuE，oppC，pth，KPN_02298，

KPN_02302，dadA，yoaA，ftn，cbl，hisB，yegQ，yehY，

KPN_02580，yejH，KPN_02621，yfaW，KPN_02170，KPN_02025，

livG，livM，livH，fliY，yedQ，abgB，treA，baeS，

KPN_02399，ydcR，anmK，ccmF，KPN_02440，KPN_02540，

KPN_01752，和KPN_04195，和j或KOX_26125，KOX_13365，

KOX_16735，KOX_25695，KOX_12270，和KOX_15055，

其中所述至少两个突变的存在指示所述患者中抗微生物药如抗生素抗性克雷伯菌属菌株的感染。

2.一种为患有潜在抗性克雷伯菌属菌株感染的患者选择治疗的方法，包括以下步骤：

a)获得或提供来自所述患者的含有或怀疑含有至少一种克雷伯菌属物种的样品；

b)确定在来自以下基因之组的至少两个基因中至少一个突变的存在：

parC，KPN_01607，gyrA，KPN_02451，baeR，aceF，ybgH，

ynjE，KPN_01951，KPN_01961，KPN_02114，mhpA，KPN_02128，

KPN_02144，KPN_02149，ydiJ，btuE，oppC，pth，KPN_02298，

KPN_02302，dadA，yoaA，ftn，cbl，hisB，yegQ，yehY，

KPN_02580，yejH，KPN_02621，yfaW，KPN_02170，KPN_02025，

livG，livM，livH，fliY，yedQ，abgB，treA，baeS，

KPN_02399，ydcR，anmK，ccmF，KPN_02440，KPN_02540，

KPN_01752，和KPN_04195，和/或KOX_26125，KOX_13365，

KOX_16735，KOX_25695，KOX_12270，和KOX_15055，

其中所述至少两个突变的存在指示对一种或更多种抗微生物药如抗生素的抗性；

c)鉴定所述至少一种或更多种抗微生物药如抗生素；以及

d)选择不同于步骤c)中鉴定的药物且适合于治疗克雷伯菌属感染的一种或更多种抗微生物药如抗生素。

3.根据前述权利要求中的一项或更多项所述的方法，其中所述克雷伯菌属物种是肺炎克雷伯菌，并且相对于NCBI中注释的参考基因组NC_009648，确定至少在parC中特别是在3763210位的突变，和/或

其中所述克雷伯菌属物种是产酸克雷伯菌，并且相对于NCBI中注释的参考基因组NC_016612，确定至少在KOX_26125中特别是在5645611位的突变。

4.根据前述权利要求中的一项或更多项所述的方法，其中所述方法包括确定克雷伯菌属对一种或更多种抗微生物药如抗生素药的抗性。