[发明专利]一种DNA测序的互信息图像配准方法及装置有效

专利信息
申请号: 201510909738.4 申请日: 2015-12-10
公开(公告)号: CN105427328B 公开(公告)日: 2017-05-31
发明(设计)人: 刘元杰;陈哲;张睿;范东雨;高科;王者馥;王绪敏;殷金龙;任鲁风 申请(专利权)人: 北京中科紫鑫科技有限责任公司
主分类号: G06T7/00 分类号: G06T7/00;G06T7/136
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 101111 北京市大兴区经济技术*** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 一种 dna 互信 图像 方法 装置
【权利要求书】:

1.一种DNA测序的互信息图像配准方法,其特征在于,包括:

获取图谱信息,在对每个图谱的采样时间间隔内分别获取DNA图谱;

获取所述DNA图谱的第一像素和第二像素,其中,第一像素A为目标像素,第一像素的灰度值大于或等于初始分割阈值T0,像素总数为N;第二像素B为背景像素,第二像素的灰度值小于初始分割阈值T0,像素总数为M;图谱f(i,j)的最大值为Vmax,最小值为Vmin

其中,T0=1/2(Vmin+Vmax) (1);

计算第一像素和第二像素的灰度均值的全局阈值T;

<mrow><mi>T</mi><mo>=</mo><mn>1</mn><mo>/</mo><mn>2</mn><mrow><mo>(</mo><mfrac><mrow><munder><mi>&Sigma;</mi><mrow><mi>f</mi><mrow><mo>(</mo><mi>i</mi><mo>,</mo><mi>j</mi><mo>)</mo></mrow><mo>&GreaterEqual;</mo><msub><mi>T</mi><mn>0</mn></msub></mrow></munder><mi>f</mi><mrow><mo>(</mo><mi>i</mi><mo>,</mo><mi>j</mi><mo>)</mo></mrow></mrow><mi>N</mi></mfrac><mo>+</mo><mfrac><mrow><munder><mi>&Sigma;</mi><mrow><mi>f</mi><mrow><mo>(</mo><mi>i</mi><mo>,</mo><mi>j</mi><mo>)</mo></mrow><mo>&lt;</mo><msub><mi>T</mi><mn>0</mn></msub></mrow></munder><mi>f</mi><mrow><mo>(</mo><mi>i</mi><mo>,</mo><mi>j</mi><mo>)</mo></mrow></mrow><mi>M</mi></mfrac><mo>)</mo></mrow><mo>-</mo><mo>-</mo><mo>-</mo><mrow><mo>(</mo><mn>2</mn><mo>)</mo></mrow><mo>;</mo></mrow>

计算第一像素和第二像素的方差σ2

σ2=(PA+PB)(T-T0)2 (3);

其中,第一像素的概率为:

<mrow><msub><mi>P</mi><mi>A</mi></msub><mo>=</mo><munderover><mi>&Sigma;</mi><mrow><mi>k</mi><mo>=</mo><mn>1</mn></mrow><mrow><mi>M</mi><mo>+</mo><mi>N</mi></mrow></munderover><mfrac><mi>N</mi><mrow><mi>M</mi><mo>+</mo><mi>N</mi></mrow></mfrac><mo>-</mo><mo>-</mo><mo>-</mo><mrow><mo>(</mo><mn>4</mn><mo>)</mo></mrow></mrow>

第二像素的概率为:

<mrow><msub><mi>P</mi><mi>B</mi></msub><mo>=</mo><munderover><mi>&Sigma;</mi><mrow><mi>k</mi><mo>=</mo><mn>1</mn></mrow><mrow><mi>M</mi><mo>+</mo><mi>N</mi></mrow></munderover><mfrac><mi>M</mi><mrow><mi>M</mi><mo>+</mo><mi>N</mi></mrow></mfrac><mo>-</mo><mo>-</mo><mo>-</mo><mrow><mo>(</mo><mn>5</mn><mo>)</mo></mrow></mrow>

若方差在预设范围内,则以T为全局阈值对所述图谱进行分割;

获取CY3、CY5、FAM和TXR四种荧光图像;

以所述图谱为基准图像,对所述四种荧光图像进行互信息配准,得到配准后的荧光图像;

在所述配准后的四种荧光图像中查找磁珠中心点;

对所述中心点进行融合处理,以获得融合后的磁珠中心点;

其中,

所述以所述图谱为基准图像,对所述四种荧光图像进行互信息配准,得到配准后的荧光图像;

具体包括:

获取基准图像f1(x,y)和第一图像f2(x,y),设置初始配准参数值(x,y,θ)和初始搜索方向,其中,第一图像为CY3、CY5、FAM和TXR四种荧光图像中的一种;

对所述第一图像f2(x,y)进行空间几何变换,得到结果图像;

计算所述基准图像f1(x,y)和所述记过图像的互信息值;

根据最大互信息理论,判断此时的配准参数值是否为最优,若是则输出所述配准参数值,使用所述配准参数值对所述第一图像进行几何变换和重采样,得到配准后的荧光图像;若不是,则修改配准参数值(x,y,θ),直至所述配准参数值为最优;

在所述配准后的四种荧光图像中查找磁珠中心点,具体包括:

对所述配准后的四种荧光图像识别磁珠像素,如果f(i,j)最小值min(i,j)差值的绝对值大于等于T0,则识别为磁珠,否则,为背景像素;

在所述配准后的四种荧光图像中查找磁珠中心点,还包括:

遍历所述磁珠像素,获取磁珠中心像素,其中,磁珠中心像素为,当前点的灰度值等于以当前点为中心的4*4像素区域内灰度的最大值,且当前点的四邻域都是目标像素。

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