[发明专利]用于检测鸡体尺性状的试剂盒及鸡的分子育种方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于检测鸡体尺性状的试剂盒，同时还涉及一种基于鸡miRNA-1658基因单核苷酸多态性的分子育种方法，属于分子遗传学领域。

背景技术

随着社会经济的迅速发展和人们生活水平的提高，市场对肉质的需求整体上从以前的数量要求转向了对质量风味的追求。生长性状、体尺性状、肉质性状和屠体性状是当今家禽工业最关注的经济性状。大多数的经济性状属于数量性状，主要是由为数众多的微效基因决定的，这些基因同时具有加性效应、显性效应和上位效应，复杂性状的遗传基础是由影响该表型的遗传因素和环境因素以及它们之间的相互作用共同决定的。国内优质地方鸡普遍存在生长速度缓慢的问题，从而影响了经济效益。因此，多年来研究人员试图通过大量的试验寻找与鸡的相关经济性状相关的候选基因，为家禽分子选种育种方面提供辅助标记选择。

应用分子标记的现代育种技术是加快良种选育和提高种群遗传品质的重要途径。应用分子标记育种首先是在DNA水平上筛查和检测与鸡经济性状密切相关的遗传标记，其次是建立其基因多态性的快速检测方法，然后实现遗传标记辅助选择和实现早期诊断选择。

单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphism，SNP)是指在基因组水平上由于单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP可以在DNA、RNA和蛋白质水平影响基因的功能，是人类可遗传变异最常见的一种，占已知多态性的90％以上。对基因产物有影响的SNP的功能进行分析，其意义十分重大。SNP多样性与经济性状的关联分析一直是畜禽遗传学研究的热点。随着miRNA的发现及其研究的深入，研究者发现miRNA不仅参与了动物复杂性状表型形成的分子调控过程，而且其SNP变化还可能导致miRNA功能异常，进而引起生物表型性状的变异。miRNA相关多态的形成机制包括插入、缺失、易位、扩增以及碱基替换。miRNA的多态性是影响miRNA调节功能的重要因素。单个miRNA表达异常时，可能影响数百种靶基因的表达，当其中某些关键蛋白表达量降低时，会导致机体生理功能异常和疾病发生。研究发现，发生在miRNA初级产物、前体及成熟体上的多态性会潜在的影响数以百计基因的表达和通路，从而广泛影响miRNA的功能。

SNP多态性的检测方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等。但SSCP操作繁琐、耗时长，影响因素多，且实验过程中存在假阴性问题，所以并非理想的SNP检测手段；直接测序技术成本较高。许多研究运用了PCR-RFLP方法或PCR与聚丙烯酰胺电泳检测相结合的方法。

MassARRAY系统进行SNP分型的基本原理是以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术结合单引物延伸反应，通过对核酸片段分子量直接鉴定而实现的。引物序列经合成、稀释后首先进行多重PCR扩增，以增加单碱基延伸反应的模板，然后再进行单碱基延伸反应，单碱基延伸反应中所用为ddNTP，因此延伸一个碱基后反应自动终止。最后将延伸产物利用全自动点样机加到芯片上，通过MassARRAY进行质谱分型。MASSARRAY平台检测SNP具有以下优势：准确可靠，直接对分子量进行检测，不涉及荧光标记、凝胶电泳等，就能检测一个碱基的差异，准确性高，机器本身出错的概率非常低，无需再次验证，也无需设计统计学重复。通量较高，可以适用于对几个到几百个SNP位点的检测。检测时间短，利用质谱检测在40min内就可以完成对380个样本的检测，并且实时显示检测结果。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于检测鸡体尺性状的试剂盒。

同时，本发明还提供一种基于鸡miRNA-1658基因单核苷酸多态性的分子育种方法。

为了实现以上目的，本发明所采用的技术方案是：

用于检测鸡体尺性状的试剂盒，包括：

上游引物F PRimer：5’-ACGTTGGATGTTCTGCCATACCAGTGTGTG-3’(如SEQ ID NO.1所示)，

下游引物R PRimer：5’-ACGTTGGATGACTCCTCCAGCTGCTGCTTC-3’(如SEQ ID NO.2所示)；

单碱基延伸引物：5’-CATCAACACCAACCCA-3’(如SEQ ID NO.3所示)。