[发明专利]一种SNP分型方法及试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及DNA检测技术领域，更具体地说，涉及一种SNP分型方法及试剂盒。

背景技术

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）是指基因组内DNA中某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化。目前，国内外已有的SNP分型检测技术中有以下几种，高分辨率融解曲线检测法（high resolution melting，HRM）、基于芯片技术的SNP分型方法、等位基因特异性扩增法（Amplification Refractory Mutation System Real Time PCR，ARMS-RT PCR）、Taqman荧光探针法、质谱法和高效液相层析法等。

其中，基于芯片技术的SNP分型方法因为能够同时检测多个SNP位点，通量相对较高等优点最为常用，其原理是将大量的探针分子固定在支持物上，然后使这些探针与带标记的样品分子进行杂交，并在除去未结合的分子后，通过检测每个探针分子的杂交信号强度，即每个探针分子所结合的样品分子的标记的信号强度，来判断样品分子的SNP情况。但是这种方法对探针的设计要求高，容易出现高背景值，特别是在同时进行多个SNP位点检测时，不同探针之间的相互干扰现象非常常见。因此，基于芯片技术的SNP分型方法的探针设计难度高，通量和准确性受限于探针的设计而偏低，且准确性随着通量的增加急剧下降。

因此，需要一种新的能够高通量的对SNP位点进行检测的方法。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种SNP分型方法，旨在解决现有技术中SNP分型方法通量低的问题。

为了实现发明目的，本发明的SNP分型方法包括以下步骤：

A.将含待测SNP位点的核酸片段可寻址的固定在固相载体上；

B.对固定在固相载体上的含待测SNP位点的核酸片段进行测序，进而确定待测SNP位点的基因型；

所述含待测SNP位点的核酸片段是通过非单分子扩增获得的产物。

其中，所述步骤A具体为：将含待测SNP位点的核酸片段固定在微球上，然后将微球可寻址的固定在固相载体上。

进一步的，所述步骤A包括以下步骤：

A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得含待测SNP位点的核酸片段；

A2、将含待测SNP位点的核酸片段固定在微球上，然后将微球可寻址的固定在固相载体上。

其中，所述步骤A2包括以下步骤：

A21、将含待测SNP位点的核酸片段与接头连接，得连接产物；

A22、将连接产物固定在微球上，然后将微球可寻址的固定在固相载体上。

其中，所述步骤A2包括以下步骤：

A21、将含待测SNP位点的核酸片段与固定在微球上的接头连接，得被固定在微球上的连接产物；

A22、将固定有连接产物的微球可寻址的固定在固相载体上。

其中，所述步骤A也可具体为：将含待测SNP位点的核酸片段直接可寻址的固定在固相载体上。

进一步的，所述步骤A包括以下步骤：

A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得固定有含待测SNP位点的核酸片段的微球；所述特异性引物对中仅有一种引物被预先固定在微球上；

A2、将固定有含待测SNP位点的核酸片段的微球可寻址的固定在固相载体上。

上述任一方案中，所述待测SNP位点有多个，所述步骤A为：将多种含待测SNP位点的核酸片段分别可寻址的固定在固相载体上。

上述任一方案中，，所述含待测SNP位点的核酸片段来源于多个待测样本；所述不同待测样本来源的含待测SNP位点的核酸片段均是通过非单分子扩增获得的产物，它们均连有标签序列；所述标签序列用于识别不同的待测样本。

进一步的，所述待测SNP位点有多个；所述步骤A为：

将多种不同待测样本来源的含不同待测SNP位点的核酸片段分别可寻址的固定在固相载体上。

其中，所述步骤B中的测序方法为连接测序法或合成测序法。

进一步的，所述步骤B进行测序反应时的锚定引物为待测SNP位点所在位点的3’端的互补序列或待测SNP位点所在位点的5’端的互补序列。

其中，所述接头为单突出末端接头，且该突出末端为其所在链的3’末端，碱基为T。

上述任一方案中，所述特异性引物对中的至少一种引物上含有第一归一化序列。

上述包括含待测SNP位点的核酸片段与接头连接步骤的方案中，所述接头上含有第二归一化序列。