[发明专利]抗肿瘤药物生物标志物的筛选方法及其应用

说明书

本发明公开了一种抗肿瘤药物生物标志物的筛选方法及其应用。具体地，所述的方法包括步骤：(a)提供肿瘤细胞作为起始细胞，其中所述的肿瘤细胞来自相同对象的相同肿瘤组织；(b)对所述的起始细胞进行传代和建系，并对获得的细胞系进行进行基因组信息检测，从而获得至少5株存在基因组差异且高度同源的肿瘤细胞系；(c)对(b)中获得的肿瘤细胞系，进行抗肿瘤药物敏感性测试，并基于对所述抗肿瘤药物的敏感性对所述肿瘤细胞系进行分型；和(d)基于分型结果，对所述肿瘤细胞系的基因组信息进行分析，从而确定所述抗肿瘤药物生物标志物。本发明方法可最大程度的降低不同肿瘤细胞系之间的背景噪音，以助于高效地、准确地筛选出抗肿瘤药物的生物标志物。

技术领域

本发明涉及肿瘤治疗领域。具体地，涉及一种筛选抗肿瘤药物生物标志物的方法。

背景技术

抗肿瘤药物的疗效主要由其基因组的异常表达决定，因肿瘤基因组的不稳定性及肿瘤间的异质性，抗肿瘤药物往往仅在某一群病人身上有效。例如靶向BCR-Abl的格列卫在BCR-ABL融合表达的慢性粒细胞白血病病人中五年生存率可达90%以上，靶向EGFR的易瑞沙成功用于EGFR突变的非小细胞肺癌，ALK抑制剂Crizotinib也仅批准用于ALK阳性的病人。在生物标志物如BCR-ABL的融合，EGFR突变,ALK融合的指征下，可以有效地判断出“有效人群”和“无效人群”，从而提高疗效、降低毒副作用。2011年8月美国FDA出台文件，建议申请新药临床研究时，同时提交选择敏感病人的分子诊断试剂盒，目前正在审批的候选药物中，25%附有个体化药物特征的生物标志物。然而，仍有大量的抗肿瘤药物未寻找到用来有效指征预测其疗效的生物标志物。如能在药物开发早期体外阶段筛选出其生物标志物，可以大大降低整个药物开发的成本，加速药物的上市及临床应用。

目前，筛选生物标志物主要有效手段是基于体外病人来源的肿瘤细胞系，如NCI60（The US National Cancer Institute60）细胞系平台、CMT1000（Center for MolecularTherapeutics）细胞系平台，CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)细胞系平台等，通过关联药物反应与细胞基因组差异表达，分析二者相关性来寻找可特异性预测药物反应的标志物。而在此类研究开展时，面临的一大问题是对同一种药物敏感性不同的细胞中，基因组上往往也存在着大量的差异，这些差异中有些可能与药物反应相关，然而更多的则是与药物反应不相关的差异，这些差异给相关性分析带来了无法消除的噪音，使得标志物分析变得困难。此外，现有商用的细胞系很多都是全世界实验室相互多次交换使用，基本上不记录代数，代数不明确。而且也有多篇研究报道这些商用细胞系已有大量相互之间交叉污染。

因此，本领域迫切需要开发一种能够高效、准确甄别药物反应相关标志物的方法，从而降低抗肿瘤药物生物标志物分析的难度和成本。

发明内容

本发明提供了一种来自单个病人的肿瘤细胞系集合，其不同细胞系间基因组差异小，大大降低了噪音的影响，提高了甄别出药物反应相关标志物的效率和能力。

本发明的第一方面，提供了一种筛选抗肿瘤药物生物标志物的方法，包括步骤：

(a)提供肿瘤细胞作为起始细胞，其中所述的肿瘤细胞是来自相同对象的相同肿瘤组织；

(b)对所述的起始细胞进行传代和建系，并对获得的细胞系进行细胞特征信息检测，从而获得至少5株存在细胞特征差异且基因组高度同源的肿瘤细胞系；

(c)对(b)中获得的肿瘤细胞系，进行抗肿瘤药物敏感性测试，并基于对所述抗肿瘤药物的敏感性对所述肿瘤细胞系进行分型；和

(d)基于分型结果，对所述肿瘤细胞系的细胞特征信息进行分析，从而确定与所述抗肿瘤药物敏感性相关的差异性标志物，所得的差异性标志物即所述抗肿瘤药物生物标志物。

在一个优选例中，所述的细胞特征信息包括：