[发明专利]黄瓜黄色果肉基因yf连锁的Indel标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术辅助育种技术，特别是黄瓜黄色果肉基因yf连锁的Indel标记及其在黄瓜育种材料选择中的应用。

背景技术

黄瓜（Cucumis sativus L.）是我国重要的保护地蔬菜，因其风味清香、口感脆爽，深受消费者的喜爱。随着消费水平的提高，人们对蔬菜品质的重视程度与日俱增。品质育种已成为黄瓜育种的重点之一。现在市场上的黄瓜几乎全部为白绿色果肉，β-胡萝卜素含量非常低。研究表明，黄色果肉黄瓜中含有丰富的β-胡萝卜素。β-胡萝卜素在人体无法合成，是一种必需维生素，可见黄色果肉黄瓜比普通黄瓜具有更高的营养价值。研究黄瓜果肉颜色的遗传规律及分子标记，对于选育高β-胡萝卜素含量的黄色果肉黄瓜都具有重要意义。

关于控制黄瓜果肉颜色的基因，前人已对其遗传规律进行了多项研究。1971年Kooistra首次对黄瓜黄色果肉基因进行了遗传分析，认为果肉颜色（包括橙色、黄色、灰白、亮白）由两对基因控制并符合比例：灰白（V_W_）:亮白(v_W_):黄色(V_w_):橙色(v_w_)=9:3:3:1。Cuevas（2010）将控制β-胡萝卜素含量作为鉴定颜色的指标，经遗传分析认为中果皮的黄色基因应由两对基因控制，内果皮的黄色基因由1对隐性基因控制。2009年，沈镝对西双版纳黄瓜的橙色果肉进行遗传分析，认为其符合有主效基因的数量形状遗传规律，浅色显性于深色，且可能存在基因互作。

目前，有关黄瓜果肉颜色分子水平的研究所见报道不多，2009年，宋慧等对黄瓜中果皮和内果皮中控制β-胡萝卜素合成的基因进行了QTL分析，检测到2个控制内果皮β-胡萝卜素含量的QTL和1个控制中果皮β-胡萝卜素含量的QTL。同年，沈镝也对控制版纳黄瓜中β-胡萝卜素含量的基因进行QTL定位，共检测到8个QTL，主效QTL位于第4条染色体上贡献率最高达到52.8%。

发明内容

本发明基于上述领域的空白，提供了与黄瓜黄色果肉基因yf紧密连锁的Indel标记，并提供了该标记在筛选黄色和白绿色果肉黄瓜种质资源上的应用。

本发明的技术方案如下：

黄瓜黄色果肉基因yf紧密连锁的Indel标记，其特征在于：

所述Indel标记的引物为：yfIndel39-F/yfIndel39-R:

CATCTGCATTCTACGTGTTG/AATCGTGTTGCTACTTAGCTG；

所述引物扩增的与黄瓜白绿色果肉基因YF连锁的特征条带为132bp，核苷酸序列如Seq ID No.1；

所述引物扩增的与黄瓜黄色果肉基因yf连锁的特征条带为137bp，核苷酸序列如和Seq ID No.2所示。

所述Indel标记在筛选具有特定果肉颜色基因yf/YF的黄瓜种质资源中的应用，其步骤如下：

（1）采用上述Indel标记的引物对待选黄瓜材料的基因组DNA分别进行PCR扩增；

（2）对扩增结果进行凝胶电泳检测，，每个品种资源的检测结果显示为以下四种情况之一：

一条137bp特征条带，为黄色果肉隐型纯合材料；

一条132bp特征条带和一条137bp特征条带，为白绿色果肉显性杂合材料；

一条132bp特征条带，为白绿色果肉显性纯合材料；

不出现上述特征条带，为不带有果肉颜色基因yf/YF的黄瓜材料；

（3）根据检测结果，选出想要的材料。

所述PCR扩增的反应体系为:7.5ng DNA模板，所述引物正向和反向各50ng，5μL GoGreen Master Mix，加双蒸水至10ul。

所述PCR扩增的程序为：94℃预变性4分钟；94℃变性15秒，55℃退火15秒，72℃延伸30秒，35个循环；72℃保温5分钟，16℃保存。

所述凝胶电泳检测，指采用6％的非变性聚丙烯酰胺凝胶，于150V恒功率电泳分离，最后银染显色。