[发明专利]基于PCR用于平行检测生物材料的测定

说明书

本发明涉及用于检测样品中至少一种靶分子特别是用于检测样品中的肽、蛋白质、脂质或碳水化合物的新方法；用于所述方法的至少一种探针；用于所述方法的多种所述探针或所述探针的文库，以及用于实施所述方法的试剂盒。

背景技术

涉及例如肽或蛋白质的分子相互作用(例如，抗体-抗原相互作用、激素-受体相互作用、病毒-受体相互作用、酶-底物相互作用等)代表了任何生物系统中最复杂和重要的过程。其检测可提供关于系统状态的有价值信息，并因此可提供具有诊断、治疗或商业价值的重要信息。例如，以下是可通过监测肽或蛋白质相互作用得到的信息类别的非穷举列表。

a)诊断未知原因的呼吸道感染性疾病

b)研究未知病因的CNS感染

c)研究自身免疫病

d)研究与感染原(infectious agent)具有潜在联系的癌症

e)研究主要的慢性疾病，例如多发性硬化症、糖尿病、肥胖和其他代谢综合征、克隆病(Crohn’s disease)和溃疡性结肠炎等

f)用于任何人类医疗状况(medical condition)的生物标志物的发现。

然而，与基于核酸的检测不同，目前没有用于放大生物系统中的基于肽、蛋白质、脂质或碳水化合物之相互作用的有效方法。这意味着，特别是在量低的情况下，许多相互作用未识别或未检测。需要对这种相互作用或信号进行特异性放大以提供适当的灵敏方法。这种方法将对生物和医学研究的所有领域具有重大影响。后者包括但不限于：表征抗体介导的免疫应答，以用于诊断和疫苗相关用途；筛选生物过程或细胞信号转导中的蛋白质-蛋白质相互作用；筛选药物-蛋白质结合或相互作用，例如可能导致副作用的脱靶或非特异性结合；筛选蛋白质-糖蛋白结合，例如鉴定用于进入细胞的病毒-受体结合；表征蛋白质上的翻译后聚糖和寡糖修饰，以用于表征和开发生物药物；以及筛选生物过程中的蛋白质-磷脂相互作用，例如确定凝血蛋白如何与细胞膜结合。

在监测抗体介导的免疫应答的领域，能够监测生物系统中的基于肽或蛋白质的信号将具有很大价值。例如，涉及感染原的任何疾病将很可能产生针对该病原的特异性宿主应答。这包括这样的病症，例如由目前难以诊断的感染原引起的脑炎。此外，来自非感染性疾病(例如癌症、自身免疫病和慢性疲劳综合症)的抗体介导的免疫应答也代表了可能从监测生物系统中之基于肽或蛋白质的信号而受益的领域。

尽管目前可以监测响应于抗体介导之免疫应答的肽或蛋白质，但是大部分用于基于肽或蛋白质检测的当前技术仅允许检查针对单个或少量目标病原的免疫应答。这使得系统因重复、费力、耗时和昂贵受到质疑。如果可以提供用于抗体监测的高通量基于肽或蛋白质的筛选方法或微阵列，则这些缺点可以被克服。尽管已经报道了用于抗体监测的高通量基于肽的微阵列，但是由于低灵敏度和缺少再现性，其并未被广泛使用(H.Andresen和C.(2009)Deciphering the antibodyome-peptide arrays for serum antibody biomarker diagnostics.Current Proteomics，2009，6，1-12)。

因此，本文描述的本发明旨在克服与现有技术相关的缺点。

发明内容

根据本发明的第一个方面，提供了用于检测和/或量化样品中至少一种靶分子的探针，其包含：

a)对所述靶分子具有特异性的至少一种结合伴侣(binding partner)；以及与其连接的

b)寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含：

i)第一序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的正向引物序列互补；

ii)第二序列，其与用于扩增所述寡核苷酸的反向引物序列互补；

iii)位于所述第一序列和所述第二序列之间的核苷酸鉴定序列或条形码，其中所述条形码充当所述靶分子的指示物并且由一定数目的以独特顺序排列的核苷酸组成，并且进一步，其中由所述核苷酸的数目和性质提供的所述核苷酸的独特排列的数目大于所述样品中靶分子的数目。

本文提到的对所述靶分子具有特异性的结合伴侣意指这样的结合伴侣，其能够与所述靶分子结合以排斥与不同或类似性质的其他靶分子的结合，并且在一些情况下，确实不能与任何其他靶分子结合。