[发明专利]用于诊断前列腺癌的靶向RNA-Seq的方法和材料

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2012年6月28日提交的美国临时申请61/665,849、2012年8月21日提交的美国临时申请61/691,743和2012年10月4日提交的美国临时申请61/709,517的权益，上述所有美国临时申请的全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本发明涉及用于诊断和界定例如前列腺癌的病症的分期或发展进程的方法和组合物。

背景技术

美国联邦药品管理局(US Federal Drug Agency)在1994年批准了使用前列腺特异性抗原(PSA)作为用于前列腺癌的诊断性生物标志物。自从该批准之后的近二十年来，PSA测试一直是用于诊断前列腺癌、监视前列腺癌的复发以及跟踪治疗功效的主要工具。尽管PSA测试被广泛应用，但其存在许多缺点，已经导致了晚期前列腺癌引起的死亡率仅有很小的改变。为了降低前列腺癌引起的死亡率和前列腺癌对生活质量的负面影响，需要一种新的工具，其不仅能够更精确地进行初步诊断、而且还能够用来评估原发性前列腺癌扩散的风险、以及能够用来监视对治疗性干预(therapeutic interventions)的响应。

目前，认为约4ng/ml的PSA的血清水平能够指示前列腺癌，而认为10ng/ml以上的PSA水平能够高度地提示前列腺癌。当进行前列腺癌检查时不单独使用PSA血液测试，通常还要进行直肠指检查(DRE)。在PSA测试或DRE检查结果为异常时，通常要进行活体组织检查(biopsy)，该检查是从前列腺取下少量组织样品并进行检查。在结果为前列腺癌阳性时，可能需要进一步检测以确定癌症的发展进程的分期，该检测例如为骨骼扫描、计算机断层(CT)扫描或骨盆淋巴结解剖检查。

尽管PSA测试具有良好的敏感度(80％)，但该测试具有接近75％的假阳性率。例如，已经估算了对于4-10ng/ml的PSA值，在进行的约四例活体组织检测中，发现仅有一例是真实的前列腺癌诊断(Catalona等,J.Urol.151(5):1283-90,1994)。计算游离的PSA占全部的(即，游离的加束缚的)PSA的比率的检测，该检测不具有比标准PSA检测显著更高的特异性或敏感度。

更高的PSA水平往往需要进行活体组织检测，来确定在前列腺中是否存在癌细胞，并且可能需要进行局部前列腺手术来切除。尽管手术能够去除局部肿瘤，并且通常能够改善前列腺癌-特异性死亡率，但是其也掩盖了以下事实：在许多患有前列腺癌的患者中，甚至在没有进行手术的情况下，该患者不会经历其疾病发展为转移癌或经历死亡。

与PSA检测相关的高假阳性率导致需要进行许多不必要的活体组织检查。除了与活体组织检查相关的身体不适和心理困扰之外，还已经提示了进行活体组织检查可能促进癌组织的炎症反应并且增加肿瘤转移的风险。

目前，由活体组织检查的结果所构建的病理分级和癌症分期的预后因子，和诊断的血液中的前列腺-特异性的抗原水平，其并不足以将具有高风险的癌症发展进程的前列腺癌患者与那些可能死于其他原因的前列腺癌患者进行分离。

一旦诊断出了前列腺癌的高风险性或恶性形式，其控制策略可能涉及以下治疗：如是在肿瘤转移之前发现，则进行手术以去除该前列腺体，进行辐射治疗以消灭前列腺内的癌细胞，以及进行通常称为雄激素消除治疗(androgen depletion therapy)的基于药物的睾丸酮抑制治疗。这些不同的治疗在某些情况下可能能够治愈，或者推迟死亡时间。但是，对于那些具有最恶性形式的前列腺癌的患者，其癌症往往在手术之后或放疗之后再次复发，并且其癌症发展为对雄激素消除治疗具有抗性，通常以死亡为结果。

早期发现前列腺癌的恶性形式是非常关键的，但是专家医生的结论是：仅靠PSA检测不足以将那些癌症会变成恶性癌且发展为危及预期寿命的患者，与那些患有发展缓慢的癌症的患者进行区分。

以下是PSA检测为何不能够满足男性健康需求的一些关键原因：

i.癌症类型