[发明专利]用于诊断前列腺癌的靶向RNA-Seq的方法和材料

权利要求书

1.一种检测客体中病症存在和/或监视客体中疾病发展进程的方法，包括如下步骤：

(a)确定从客体中取得的生物样品中的至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率，其中使用RNA测序确定表达的频率；和

(b)将所述生物样品中的至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率与规定的阈值进行比较，其中，增加的或减少的生物样品中的至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率，其指示客体中病症的存在和/或病症的发展进程。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法包括如下步骤：

(a)确定生物样品中多种RNA生物标志物的表达的相对频率；和

(b)将所述生物样品中多种RNA生物标志物的表达的相对频率与规定的阈值进行比较，其中，增加的或减少的生物样品中的至少两种RNA生物标志物的表达的相对频率，其指示客体中病症的存在。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率通过以下步骤进行确定：

(a)从生物样品中分离总RNA；

(b)使用对所述至少一种RNA生物标志物具有特异性的第一寡核苷酸引物，从总RNA中生成第一cDNA链；

(c)合成第二cDNA链以提供双链cDNA；

(d)在所述双链cDNA中添加至少一种测序衔接子；

(e)扩增所述双链cDNA以提供cDNA文库；

(f)对所述cDNA文库进行测序，并确定所述至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述第一寡核苷酸引物从由SEQ ID NO：76-223和293-326组成的组中选择。

5.根据权利要求3所述的方法，在步骤(b)之后和步骤(d)之前进一步包括以下步骤：通过使用对所述至少一种RNA生物标志物具有特异性的寡核苷酸引物对的聚合酶链式反应，来扩增该双链cDNA。

6.根据权利要求5所述的方法，其中从由SEQ ID NO：76-223和293-326组成的组中选择至少一种所述寡核苷酸引物对。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率通过以下步骤进行确定：

(a)从生物样品中分离总RNA；

(b)制备第一cDNA链以提供单链cDNA；

(c)通过使用了对所述至少一种RNA生物标志物具有特异性的寡核苷酸引物对的聚合酶链式反应，来扩增该单链cDNA，以提供经过扩增的双链cDNA；

(d)在所述经过扩增的双链cDNA中添加至少一种测序衔接子；

(e)使用对所述至少一种测序衔接子具有特异性的引物对所述经过扩增的双链cDNA进一步扩增，以提供cDNA文库；

(f)对所述cDNA文库进行测序，确定所述至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率。

8.根据权利要求7所述的方法，其中从由SEQ ID NO：76-223和293-326组成的组中选择所述寡核苷酸引物对的至少一个成员。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述病症是癌症。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述病症是前列腺癌，所述至少一种RNA生物标志物包含对应于从由SEQ ID NO：1-75和235-287组成的组中选择的DNA序列的RNA序列。

11.根据权利要求1所述的方法，其中从由尿液、血液、血清、细胞系、外周血单核细胞、活体检测组织以及前列腺切除组织构成的组中选择所述生物样品。

12.一种监视客体中的病症的发展进程的方法，包括以下步骤：

确定在第一时间点从客体中取得的生物样品中至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率，并确定在随后的第二时间点从客体中取得的生物样品中该至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率，其中所述表达的相对频率使用RNA测序进行确定；和

(b)将所述生物样品中至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率与规定的阈值进行比较，其中与在第一时间点相比，在第二时间点增加或减少的生物样品中的至少一种RNA生物标志物的表达的相对频率，其指示客体中病症的发展进程。