[发明专利]使用序列标签的序列确定方法

权利要求书

1.一种确定免疫组库的克隆型的方法，所述方法包括步骤：

(a)从个体获得包含T细胞和/或B细胞的样品；

(b)将序列标签附接到T细胞受体基因或者T细胞和/或B细胞的免疫球蛋白基因的重组核酸的分子，以形成标签-分子轭合物，其中所述标签-分子轭合物的基本上每个分子具有独特的序列标签；

(c)扩增所述标签-分子轭合物；

(d)测序所述标签-分子轭合物；以及

(e)比对相似序列标签的序列读段以确定相应于所述组库的相同克隆型的序列读段。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述比对的步骤还包括通过在所述相似序列标签的所述克隆型的每个核苷酸位置确定大多数核苷酸而确定每个所述标签-分子轭合物的每个所述克隆型的核苷酸序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述附接的步骤包括通过取样标记所述重组核酸的分子。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述附接的步骤在反应混合物中实施，使得所述序列标签以所述重组核酸的分子的浓度的至少100倍的浓度存在于所述反应混合物中。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述序列标签被掺入对于所述重组核酸的分子特异的引物中。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述序列标签为嵌合标签。

7.一种确定样品中淋巴细胞的数目的方法，所述方法包括步骤：

(a)从个体获得包含淋巴细胞的样品；

(b)将序列标签附接到所述淋巴细胞的T细胞受体基因或免疫球蛋白基因的重组核酸的分子，以形成标签-分子轭合物，其中所述标签-分子轭合物的基本上每个分子具有独特的序列标签；

(c)扩增所述标签-分子轭合物；

(d)测序所述标签-分子轭合物；

(e)计数不同的序列标签的数目，以确定所述样品中淋巴细胞的数目。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述重组核酸为DNA。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述淋巴细胞为T细胞，并且所述重组核酸为T细胞受体基因或其片段。

10.根据权利要求7所述的方法，其中所述淋巴细胞为B细胞，并且所述重组核酸为免疫球蛋白基因或其片段。

11.一种确定免疫组库的克隆型的方法，所述方法包括步骤：

(a)从个体获得包含T细胞和/或B细胞的样品；

(b)通过取样标记来自所述T细胞和/或B细胞的分子以形成标签-分子轭合物，其中每个标签具有序列并且每个分子包含来自T细胞受体基因或免疫球蛋白基因的重组核酸；

(c)测序所述标签-分子轭合物；并且

(d)比对相似标签的序列读段以确定相似的克隆型。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述比对的步骤还包括通过在所述相似序列标签的所述克隆型的每个核苷酸位置确定大多数核苷酸而确定每个所述标签-分子轭合物的每个所述克隆型的核苷酸序列。

13.根据权利要求11所述的方法，其中所述附接的步骤在反应混合物中实施，使得所述序列标签以所述重组核酸的分子的浓度的至少100倍的浓度存在于所述反应混合物中。

14.一种在正被监测微小残留病的患者中检测克隆型残留污染的方法，所述方法包括步骤：

(a)通过根据权利要求1所述的方法定期地测量所述患者的克隆型谱而监测患者的微小残留病；和

(b)记录克隆型谱的每个测量的每个所述序列标签的所述序列；以及

(c)如果在后面的克隆型谱中检测到任何先前的克隆型谱的序列标签，则检测到克隆型残留污染。