[发明专利]评估发育异常或食道腺癌可能性的方法

说明书

背景技术

患有巴雷特食管(Barrett's esohphagus)(BE)的患者与普通人群相比有实质上增加的进展至食管腺癌(EAC)的风险(RR：11.3，95％CI：8.8-14.4)1。在过去的30年间，EAC的发病率增加了7倍(每百万3.6至25.6例)2，并且由于后期表现，其预后差，具有约11个月的生存中值3。由于当疾病局限于粘膜或子粘膜层中时已诊断患者的增加的生存率；患有BE的患者被推荐接受内镜监测以早期检测癌症4、5。内镜检查法患者的成本效益和风险：效益比屡次受到了质疑，这是因为年度(每年)的进展风险相对较低1、6、7；根据最近的估计约0.3％8。BE和EAC之间的中间发育异常阶段是进展的最可靠的标志；然而，发育异常的病理学存在是主观的，这是由于内镜检查期间的已知的抽样偏差以及高的观察者间和观察者内的差异性9、10。最近的两项研究强调了归类为患有低度发育异常的患者的发展率的巨大差异。在荷兰的研究中，患有确诊的低度发育异常的个体中的高度发育异常(HGD)或EAC的发生率为每年每患者13.4％(95％CI 3.5-23.2)；然而在美国的研究的患者中，此群体的进展率与非发育异常的患者相似，其是16倍的差异12。在患有高度发育异常的患者中，随机射频消融(randomized radiofrequency ablation)(RFA)干预试验的数据表明非治疗组(arm)中19％的进展率13。因此，迫切需要一些生物标记，其可以准确地检测扁平巴雷特粘膜中的常见的发育异常并预测那些最可能进展至癌症的患者。

异常的DNA甲基化被证明是癌症的特征，并已知这些变化发生于转化的早期14。大量研究已经证明在BE至EAC的进展中发生了DNA甲基化的变化，并且这些变化具有用作生物标记的潜力15-20。这些研究大多采用基于其它癌症中已知的甲基化靶点的候选分析。然而，现在可利用基于高通量阵列的平台来鉴定DNA甲基化变化，并且发明人已采用这种方法找到了巴雷特癌变的候选生物标记。印记基因和X染色体均被DNA甲基化表观遗传地控制21，但从未在EAC的生物标记方面进行具体的检测。

Jin等人(2009 Cancer Research v.69，4112至4115页)公开了一种甲基化生物标记的多中心、双盲的效度研究(validation study)，其用于巴雷特食管的发展预测。作者研究了8种BE发展预测甲基化生物标记。作者研究了145例无进展者和从巴雷特食管发展至肿瘤的50例进展者中的甲基化。这项研究是一项回顾性研究——研究采用候选基因并由因推果地评估其甲基化状态。所评估的8种候选基因是P16、RUNX3、HPP1、NELL1、TAC1、SST、AKAP12和CDH13。作者认为，这8种标记组更客观且可量化，并且与临床特征如年龄的评估相比，具有较高的预测敏感性和特异性。作者认为，他们的8种标记组以高特异性水平准确地预测了约一半的HGD和EAC。

Kaz等人(2011 Epigenetics v.6，1403至1412页)公开了巴雷特食管和食管腺癌中的DNA甲基化谱揭示了独特的甲基化标签(methylation signature)和分子亚类。作者报道了不同的总体的甲基化标签以及特定基因的甲基化差异的发现。作者声称，它们的标签在鳞状、BE、HGD和EAC细胞中会有区别。作者没有公开任何生物标记。实际上，当他们指出“将BE从BE+HGD和EAC中区分出来的那些CpG位点的追加的验证可能导致发现在BE和EAC的诊断和预后判断中具有潜在临床应用的有用的有用生物标记”时，作者甚至承认了这一点。因此，此报告关注于对CpG甲基化谱的描述。特别地，研究了分散在807个基因中的1505个CpG位点的甲基化状态。在这一文献中未提供生物标记或预后的具体教导。

本发明的目的是克服与现有技术相关的问题。

发明内容

发明人解决了巴雷特食管(BE)的内镜监测的关键问题，并且指出了DNA甲基化变化如何可以提高在扁平的巴雷特黏膜和组织病理学中高度发育异常和早期癌症的检测。