[发明专利]用于核酸扩增的核酸

说明书

本文提供可用于核酸扩增例如定量核酸扩增的核酸序列。

相关申请的交叉参考

本申请要求2012年3月29日提交的美国临时专利申请号61/617562的优先权，其全部内容被引入本文作为参考。

序列表参考

电子形式的序列表随本申请一同被提交。序列表以命名为PCT_SEQLIST_GENOM_115WO.txt的文件提供，该文件最后存储于2013年3月13日，建立于2013年3月13日，其大小为15,257字节。全部信息被引入本文作为参考。

发明领域

本文实施方式总体上涉及可用于监测在核酸测试(NAT)中来自样品的核酸扩增和/或提取的内部对照核酸。

发明背景

核酸测试(NAT)分析提供用于快速检测和/或定量目标核酸的强大的工具。因此，NAT分析常用于检测样品——例如，临床设施中的患者样品、食物样品、环境样品及类似物——中生物体的存在。NAT分析也常用于诊断设施中，例如，检测遗传多态性、遗传重复、插入、缺失或类似情况，或基因表达改变，作为状况诸如疾病或病症的指示。

在多种情况下，期望获得关于给定样品中目标核酸序列量的定量信息。例如，定量核酸分析，例如扩增分析，可用于检测生物学样品中病原体特异性目标序列的存在和/或存在量，以确定样品是否感染病原体，和/或监测感染进程或严重程度。定量核酸分析还可有效用于监测细胞或组织状态——通过监测细胞或组织中标记物核酸序列的存在量，或有效用于定量样品中具体DNA元件，例如重复或转位元件，的存在量。

定量核酸扩增反应可用于定量样品中存在的目标核酸序列的相对和/或绝对量。这种方法已变得高度先进和灵敏，使得仅少数拷贝的目标核酸便可在样品中被检测到。由于定量核酸扩增反应的高度灵敏性，为避免假阳性、假阴性、高估目标或产物量、或低估目标或产物量，在选择适当的内部对照时必须非常小心。除关于内部对照(例如，内部对照模板、引物和/或探针)的特异性的考虑因素外，还存在关于对照核酸序列的固有特征的考虑因素，包括，例如，发夹、极低退火温度下的A/T数(A/T runs)、极高退火温度下的G/C数(G/Cruns)——其不使核酸适于扩增和/或探针杂交。此外，可期望对于多种目标序列、在多种多重反应中使用相同的内部对照模板序列、引物组和探针。但是，很多核酸序列在狭窄反应条件组下适于扩增和/或探针杂交，并非足够稳健以在多种反应条件下用作内部对照。

因此，本领域技术人员将认识到确定用于充当内部对照以监测核酸扩增的内部对照序列、引物、和探针的稳健组合的复杂性。另外，本领域技术人员将认识到，通常进行大量实证检验以验证多核苷酸模板序列、引物对、探针、或其组合将充当对于定量核酸扩增可行的/适当的内部对照。

发明概述

本文公开的实施方式涉及可用作核酸测试(NAT)分析内部对照的改进的组合物。因此，本文提供内部对照反应剂、包含内部对照反应剂的试剂盒、以及其制备和在核酸测试分析中使用的方法。如下文进一步详细描述，本文公开的内部对照反应剂呈现高度有利的性质，包括极大灵敏性和再现性。此外，本文公开的内部对照反应剂具有高度通用性，并且可用作NAT分析中的对照，用于检测和/或定量多种不同的目标序列。

因此，在一些实施方式中，提供在核酸扩增反应——包括但不限于定量和/或定性核酸扩增反应——中可用作模板的多核苷酸。在一些实施方式中，多核苷酸可用作定量核酸测试分析如定量PCR的内部对照模板。示例性内部对照模板多核苷酸包括下列，主要由下列组成，或由下列组成：SEQ ID NOs：1、8、9、10、11、12、13、14、或15的序列或包括其子序列的其变体。