[发明专利]利用基因芯片结合Real time PCR筛选的烟草内参基因及其方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及的是利用基因芯片结合Real time PCR筛选烟草内参的方法及应用。

背景技术

利用real time PCR分析基因表达水平是现在分子生物学中重要的研究手段，而此项技术实施的关键是选择合适的内参，因此内参的选择一直都是研究者关注的热点。传统的内参基因的确定都是先经过文献检索、预测，然后通过实验验证基因之间相对的稳定性，具有很大的局限性。

因此，现有技术存在缺陷，需要改进。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是针对现有技术的不足提供一种利用基因芯片结合Real time PCR筛选烟草内参的方法及应用。

本发明的技术方案如下：

一种在全基因组水平上筛选内参基因的方法，该方法包括以下2个步骤：

首先利用NimbleGen双通道基因芯片分析栽培品种K326的3个部位根、茎、叶，每个部位6个时期，以及花的3个时期，共21个样本的基因的表达量，利用geNorm（3.5）计算出每个基因在21个样本中的变异系数，表征其稳定性，变异系数小于目前应用的内参的基因作为内参的候选基因。

利用Real time PCR验证芯片杂交的结果，即用Real time PCR验证烟草3个部位根、茎、叶，每个部位6个时期，以及花的3个时期，共21个样本的基因的表达量，利用geNorm（3.5）计算出每个基因在21个样本中的变异系数，表征其稳定性，变异系数小于目前应用的内参的基因作为新筛选的烟草内参。

应用上述方法，筛选得到烟草新的内参基因烟草磷酸核酮糖激酶基因和烟草双半乳糖二酰甘油合酶基因，其中磷酸核酮糖激酶基因的稳定性高于目前所有报道的烟草内参基因，而烟草双半乳糖二酰甘油合酶基因的稳定性仅次于目前报道烟草内参基因EF-1-a。

附图说明

图1中1～21分别为Gene3基因在21个组织中的扩增情况；

图2中1～21分别为Gene5基因在21个组织中的扩增情况；

图3中1～21分别为Gene6基因在21个组织中的扩增情况；

图4中1～21分别为Gene7基因在21个组织中的扩增情况；

图5中1～21分别为Gene8基因在21个组织中的扩增情况；

图6中1～21分别为Gene9基因在21个组织中的扩增情况；

图7中1～21分别为Gene12基因在21个组织中的扩增情况；

图8中1～21分别为Gene13基因在21个组织中的扩增情况；

图9中1～21分别为Gene14基因在21个组织中的扩增情况；

图10中1～21分别为Gene15基因在21个组织中的扩增情况；

图11中1～21分别为Gene16基因在21个组织中的扩增情况；

图12中1～21分别为Gene17基因在21个组织中的扩增情况；

图13中1～21分别为Gene18基因在21个组织中的扩增情况；

图14中1～21分别为Gene19基因在21个组织中的扩增情况；

图15中1～21分别为Gene20基因在21个组织中的扩增情况；

图16中1～21分别为Gene21基因在21个组织中的扩增情况；

图17中1～21分别为Gene22基因在21个组织中的扩增情况；

Marker TaKaRaDL2000，条带大小：从下往上100bp,250bp,500bp,750bp,1000bp,2000bp。

具体实施方式

以下结合具体实施例，对本发明进行详细说明。

1试验取样

1.1实验材料：烟草栽培品种K326