[发明专利]一种检测鸡胡须性状的方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及用于鸡胡须性状的分子标记、以及检测胡须性状的方法。

背景技术

长期的进化和驯化选择，丰富了农业动物遗传资源的多样性。近年来的研究发现，基因组结构变异是畜禽驯化过程中多个重要性状的遗传基础，如鸡20号染色体上发生的复杂结构重排，会使EDN3基因的表达产生变化，最终导致黑色素在真皮内的沉积；位于鸡1号染色体的SOX5基因内含子1内3.2kb区域的复制，使得在发育的6-12天内SOX5基因表达发生改变，导致豆冠表型的产生。基因组结构变异可以通过多种机制影响基因表达，对结构变异进行研究，有助于我们解析相关性状形成的机制。

基因组结构变异包括缺失、重复、倒位、易位四种类型。目前针对基因组结构变异的检测技术主要有基于高密度SNP的基因分型芯片、比较基因组杂交芯片，以及高通量测序技术等。随着高通量测序技术的不断发展，成本的不断降低，测序已经成为目前生物学研究的重要手段。通过对结构变异靶区域的重测序分析，分离出结构变异造成的断点和重排情况，进而利用PCR等常规分子生物学技术对结构变异进行检测。检测只需在结构变异产生的断点两侧设计扩增引物，利用简单的PCR反应，通过琼脂糖凝胶检测就可以检测结构变异的存在。

鸡的胡须性状是家畜中最早进行研究的表型性状之一，经历了上百年的历史，至今仍未见报道影响胡须性状的确定染色体位置和检测方法。如果利用传统方法对鸡的胡须形状进行选育，将耗费大量的人力、物力、财力。利用分子生物学的手段建立一种快速检测胡须性状的方法，进行标记辅助选择，将有助于提高育种效率。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴别鸡胡须性状性状的方法。

本发明以中国农业大学与广东省农业科学院畜牧研究所合作建立的以惠阳胡须鸡与岭南黄鸡A03系为亲本的F2杂交资源群体为研究对象，记录了F0、F1和F2代个体的胡须性状，利用全基因组SNP进行连锁分析，将影响鸡胡须性状的基因座定位于鸡27号染色体；对F0样本的进行重测序分析，分离得到了影响鸡胡须性状的结构变异。本发明发现，胡须鸡27号染色体存在三个DNA片段的重复（拷贝数变异，CNV），在鸡ICGSC Gallus_gallus-4.0版本基因组中的物理位置分别为1702269-1721521bp（CNV1）、4470331-4503417bp（CNV2）、3578409-3592890bp（CNV3），三个片段顺利连接并插入到CNV1原座位，其位置关系如图1所示。本发明鉴别鸡胡须性状的方法，是针对不同CNV片段间的连接设计引物进行PCR检测，根据检测结果判定鸡是否存在胡须基因。

本发明首先提供一种用于检测鸡胡须性状的分子标记组合，其为CNV1、CNV2和CNV3，这三个分子标记物理位置位于鸡27号染色体1702269-1721521bp、4470331-4503417bp、3578409-3592890bp处，CNV1和CNV2连接的基因序列如SEQ ID No.7所示，CNV2和CNV3连接的基因序列如SEQ ID No.8所示，CNV3和CNV1连接的基因序列如SEQ ID No.9所示。

本发明提供了用于检测上述分子标记组合的引物组合，是针对上述不同CNV片段间的连接设计引物，其核苷酸序列为：

CNV1-2F TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT

CNV1-2R CCATGTCAGCACAGTAACGATT

CNV2-3F ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG

CNV2-3R TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA

CNV3-1F ACAAGTCAGAGAGGCAATCGAC

CNV3-1R CCATACAGCCTCAGGTAAGGAC。

本发明提供了一种检测鸡胡须性状的试剂盒，含有针对上述三个分子标记分别设计的3对引物。

本发明方法包括以下步骤：

（1）以待测鸡的基因组DNA为模板，用三对引物分别进行PCR反应；所述三对引物分别是：

CNV1-2F TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT

CNV1-2R CCATGTCAGCACAGTAACGATT

CNV2-3F ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG

CNV2-3R TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA