[发明专利]检测喀西茄抗黄萎病基因SacVe的等位基因分子标记及引物和应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测喀西茄抗黄萎病基因SacVe的等位基因分子标记及引物和应用，属于植物育种技术领域，专用于茄子育种材料中来源于喀西茄的抗黄萎病基因SacVe的分子检测。

背景技术

茄子(Solanum melongena)是一种重要的世界性蔬菜作物，是我国设施栽培的主要蔬菜作物之一。茄子黄萎病是主要由大丽轮枝菌引起的一种重要土传性病害，近年来，随着设施茄子生产的发展和连作的不可避免，该病成为茄子设施栽培的重要病害，发生和危害愈加严重，生产上对抗黄萎病茄子品种的需求非常迫切。

种质资源的评价和利用是开展抗病育种研究的基础。研究表明，茄子栽培种种质资源中缺乏抗黄萎病基因，仅有一些表现为耐病的种质，高抗黄萎病的基因存在于茄属近缘野生种质中，其中喀西茄S.aculeatissimum具有高抗黄萎病的优良特性。因此，发掘利用喀西茄的抗黄萎病基因对茄子品种抗病性的改良具有重要意义。

研究表明，番茄、水茄(S.torvum)中Ve类基因具有抗黄萎病的特性。将番茄Ve基因导入马铃薯，可增强其对黄萎病的抗性，根据Ve基因开发的CAPS标记也成功地应用于马铃薯对黄萎病抗性的鉴定中。我们利用VIGS技术对喀西茄Ve类基因SacVe的功能验证结果表明，该基因具有高抗茄子抗黄萎病的优良特性，可在茄子抗黄萎病育种中加以应用。

发明内容

Ve类同源基因在茄子种质资源中广泛存在，但对黄萎病的抗性存在差异。因此，本发明的目的在于根据喀西茄SacVe基因的核苷酸序列特征及其与其它茄子种质资源的Ve基因同源序列间的差异，在PCR引物设计过程中人为引入错配碱基，获得喀西茄SacVe的等位基因PCR标记，用于对种间杂交后代中SacVe基因的分子检测。

本发明采取如下技术方案：

一种检测喀西茄抗黄萎病基因SacVe的等位基因分子标记，特异性标记SacVR400的序列为：SEQ ID NO：1。

所述的分子标记的PCR引物，上游引物SA01为SEQ ID NO：2，下游引物为SEQ ID NO：3

所述的分子标记的应用，在苗期对喀西茄与栽培茄的种间杂交后代群体进行抗黄萎病基因SacVe的快速检测，提高育种效率。

有益效果

标记SacVR400能够明显区分喀西茄抗黄萎病基因SacVe和栽培茄品种中的Ve同源基因，可以在苗期对喀西茄与栽培茄的种间杂交后代群体进行抗黄萎病基因SacVe的快速检测，提高育种效率。

附图说明

图1喀西茄与苏州牛角、徐州长茄和七叶茄Ve基因同源序列的比较，方框中为差异碱基；

图2SA01与SA03引物组合的PCR检测结果；

图3SA01与SA14引物组合的PCR检测结果；

其中M为DNA分子量标准，1-23依次为喀西茄、喀西茄×苏州牛角(F₁)、苏州牛角、徐州长茄、扬州长茄、七叶茄、成都墨茄、短把黑、三月茄、西安绿茄、蚌埠青长茄、芜湖白茄、杭州红茄、平湖小茄、宁波藤茄、二民茄、济南六叶茄、莒县红茄、潘茄、紫面条、安阳大红，旺步紫长茄和杞县黑油罐。

具体实施方式

以下结合具体实施例，对本发明进行详细说明。

1)引物设计

播种喀西茄和其它育种材料的种子，待幼苗长至2-3叶时，取面积约1cm²的细嫩叶片，采用CTAB法提取DNA，DNA浓度调整为50ng/ul。

根据SacVe基因全长cDNA的序列特征设计1对引物，喀西茄和3个栽培茄品种包括苏州牛角、徐州长茄和七叶茄的基因组进行PCR扩增，上游引物SA01为5’-GAATCTTCACAAGCTCCAGCTCCAT-3’，下游引物SA02为5’-GACTGGAGCTTTCTTACAATAACTT-3’，产物大小为1077bp。

对喀西茄和3个栽培茄品种的扩增产物的测序结果进行比对发现(图1)，第380个碱基存在差异，喀西茄为C，其它品种为A。据此设计2条下游引物SA03和SA14：引物SA03为根据3个栽培茄的序列特征设计，序列为5’-GAAGGGAAGCTACCAAAATCT，没有引入碱基错配；引物SA14为根据喀西茄的序列特征设计，并在3’端第2和第3个碱基均引入T/C错配，序列为5’-GAAGGGAAGCTACCAAAACTG。

2)PCR扩增和产物检测