[发明专利]利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法

说明书

技术领域

本发明涉及番茄中转基因成分的检测和鉴定方法，尤其涉及采用原位合成微流体芯片检测番茄中已知外源基因的方法。

背景技术

番茄（Solanum lycopersicum）是重要的茄科作物之一，其果实富含维生素、胡萝卜素、番茄红素，具有较高的营养价值和保健功效，是世界范围内重要的果蔬产品。近十年全世界番茄的种植面积和产量分别增加了38%和42%，产业化趋势明显。自1994年美国Calgene公司培育的延熟保鲜转基因番茄FLAVR SAVR获准进入市场后，各种抗病毒、抗虫、抗除草剂、抗冻害、抗盐碱等品系改良番茄品种相继报道，并有一部分获准商业化种植，转基因番茄大量投放市场已经成为不可抗拒的潮流。然而，有专家经实验指出转基因食品能增加小鼠患肿瘤的几率，因此关于转基因产品的安全性引起了社会广泛的争议，并且其对环境、食物原有营养体系的破坏，也是人们关注的焦点。

针对该种情况，国际社会一方面不断健全和完善转基因成分的检测体系，另一方面出台了标签制度，以确保消费者对转基因食品的知情权和选择权利。我国也十分重视转基因食品的安全管理，颁发了《农业转基因生物安全管理条例》，将转基因食品安全上升到法律层面。然而，我国对食品中转基因成分的检测体系相对滞后，很有必要加强这方面的研究。

目前，转基因番茄的检测集中在核酸水平，主要有定性PCR、荧光定量PCR、多重PCR和核酸杂交检测技术。传统的转基因检测方法常常局限于单一基因，检测范围窄，效率低。在当前导入农产品中的外源基因种类越来越多的情况下，单一项目的检测已不能满足食品监管需要，迫切需要开发高通量的快速转基因检测技术。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法。

为了解决上述技术问题，本发明提供一种利用原位合成微流体芯片的构建和检测方法，包括以下步骤：

1）、转基因番茄外源基因检测的芯片探针的设计；

2）、制备寡聚核苷酸芯片；

3）、待测番茄样品中基因组DNA的提取；

4）、基因组特定片段或整个基因组荧光标记；

5）、芯片杂交；

6）、判定样品是否为转基因番茄品种。

作为本发明的利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法的改进，所述步骤1）为：设计合成了如表1所述的895条寡核苷酸探针。

作为本发明的利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法的进一步改进，步骤2）为：

制备寡聚核苷酸芯片：先在原位合成微流体芯片上，依次合成化学修饰过的957条寡核苷酸探针序列；然后对合成好的芯片在芯片扫描仪上进行荧光分析，以检测芯片本身的荧光本底；再用质控cDNA或来自于质粒的DNA片段进行荧光标记后，与芯片进行杂交，分析芯片特异性、灵敏度和重复性，评估芯片质量。

作为本发明的利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法的进一步改进，步骤3）为待测番茄样品中基因组DNA的提取：

取0.1-0.2g番茄样品，液氮研磨，装入1.5 ml 无菌的eppendorf管中；加入1ml CTAB提取液，于65℃水浴60-90min；离心取上清，加入酚/氯仿/异戊醇（体积比为25：24：1，共计用量为上清体积的2/3），充分混匀，离心取上清；加入氯仿/异戊醇，离心取上清；加入NaAC溶液和无水乙醇沉淀；离心弃上清，体积浓度为70%的酒精洗涤沉淀；离心弃上清，真空干燥；加入50-100 μ1 TE溶液溶解DNA。

作为本发明的利用原位合成微流体芯片检测转基因番茄的方法的进一步改进，

步骤4）为基因组特定片段或整个基因组荧光标记，可选用以下3种方法中的任意一种：