[发明专利]一种荧光标记的X-InDel位点复合扩增系统及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种检测人类基因组中具有多态性的遗传标记，尤其涉及一种通过复合扩增18个插入缺失遗传多态性标记（Insertion/Deletion,InDel）来进行荧光标记复合扩增系统及其应用。

背景技术

STR(Short Tandem Repeats,STR)分型技术是目前法医生物学研究和鉴定普遍采用的技术手段。就目前而言，STR分型被认为是法医DNA鉴定中最标准、最权威的途径和方法，能够解决大多数的实际问题。但是，随着STR基因座在法医DNA分析中的广泛应用，其缺陷也日益受到学界关注。如STR基因座的高突变率不利于亲权鉴定的结果解释；PCR扩增子较长不易实现对降解检材的DNA分型；STR基因座的数量有限不利于复杂亲缘关系的鉴定等。

SNP（Single Nucleotide Polymorphism,单核苷酸多态性）作为第三代遗传标记，应用于法医学实践的优越性已越发显著。与STR（自发突变率为10^-3～10^-5）相比，SNP具有相对较低的自发突变率（10^-8）；而单个的SNP位点扩增产物可以控制在200bp以下，容易实现多个位点的复合扩增，并有利于降解检材的分型；二等位基因的特性也使其分型结果的分析简便易行，更加容易完成向自动化的转变。然而SNP分型采用的技术平台无论是Minisequencing（核心是单碱基延伸）、连接反应还是质普分析，要么需要特殊仪器设备（如SNPStream、MALDI-TOF质普仪），要么核心技术为国外技术公司掌握（如SNPlex），它们普遍具有仪器昂贵，使用成本高，操作繁琐或通量小等一些限制性特征，并不适合在常规的法医学实验室推广。

近年来，InDel这种新型的遗传标记受到了越来越多的关注，其在法医生物学领域的应用也具有广阔的前景。InDel（Insertion/Deletion Polymorphism）是一种特殊类型的二等位基因遗传标记，具有较低的自发突变率和较小的扩增产物片段,兼具了STR和SNP两种遗传标记的优势，以这种遗传标记为分型标准的法医生物学分型试剂盒将为法医生物学的研究与法医DNA鉴定的应用提供更为便捷有效的分型分析途径。自2006年起，国内外对常染色体InDel的法医学研究就如火如荼的展开了，较为典型的是Pereira等人与Edelmann等人于2009年建立了一个包含38个常染色体InDel位点的可用于个体识别目的的复合扩增体系，以及李成涛等建立的一个包含30个常染色体InDel位点的复合扩增体系，均系采用多色荧光标记，毛细管电泳，依靠插入缺失片段的大小就可以实现快速、准确的进行分型，体现出了InDel遗传标记在法医学中应用的优越性。

X染色体有着特殊的遗传方式，在一些特殊的亲权鉴定案件中（祖母-孙女关系鉴定、同父异母姐妹关系鉴定），常染色体上的遗传标记应用价值就很有限，X染色体上的遗传标记在这样的亲缘关系鉴定中重要的应用价值就得以凸显。另外，在普通的父-女、母-儿子（或女儿）亲子鉴定中，遇到由于突变导致1～2个基因座不符合孟德尔遗传规律的现象较为多见，客观上也需要X染色体上的遗传标记构成的分型系统来补充当前常染色体上遗传标记系统的不足。因此，法医物证学迫切需要建立以X染色体上遗传标记为分型基础的基因型检测方法和体系，来克服目前常用系统带来的不足，并改变当前司法检验鉴定工作的被动局面。对于新兴的遗传标记InDel在X染色体上的研究在国际上已有一些成果的发表，但国内相关的研究还是相对欠缺，甚至连亚洲人群的数据都相对较为稀少。所以，研制针对中国人群的X-InDel（X染色体上的InDel）多态分型系统可以说是当务之急也是大势所趋。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种在中国人群中具有高个体识别率的X-InDel位点（X染色体上的InDel位点）并建立相应的荧光标记复合扩增系统。