[发明专利]使用核酸探针和珠粒亚组检测呼吸道病原体的组合物和方法

说明书

本公开内容教导了检测和鉴定多种呼吸道病原体的多重核酸扩增测定。

提交信息

本申请与2011年10月4日提交的标题″An Assay″的澳大利亚临时专利申请No.2011904105(将其完整内容通过引用并入本文)相关并且要求其优先权。

领域

本公开内容对于检测和鉴定多种呼吸道病原体的多重核酸扩增测定是有指导意义的。

背景

在说明书的结尾处按字母顺序地收集本发明人在本说明书中提及的出版物的书目内容。

本说明书中对任何在先出版物(或源自其的信息)或对已知的任何事物的提及不被并且不应当被当作是确认或承认或以任何形式暗示该在先出版物(或源自其的信息)或已知的事物形成本说明书所致力的领域中的公知常识的部分。

澳大利亚肺基金会已报导上呼吸道感染在澳大利亚每年导致约3-4百万例对全科医生(GP)的门诊，在直接费用上花费纳税人超过1.5亿澳元，在间接费用上花费要多得多。下呼吸道感染在澳大利亚每年导致近300万例对GP的门诊。因呼吸道感染而引起的住院数目进一步使社会和经济影响复杂化。例如，社区获得性肺炎与澳大利亚每年约12％的年龄超过65岁的住院患者的总体死亡率相关。如果存在共病疾病(例如，慢性阻塞性肺疾病、充血性心力衰竭、糖尿病)，则该死亡率增加至约20％。此外，高达30,000例的哮喘入院和高达40,000例的慢性阻塞性肺疾病入院由病毒感染促成，涉及哮喘和慢性阻塞性肺疾病所有住院例的50至80％。因此，澳大利亚的直接和间接费用 负担据估计超过每年5亿澳元。

与呼吸道感染相关的病原体可分类为细菌(包括百日咳博德特菌)、真菌和病毒。甲型或乙型流感病毒几乎每个冬季引发疾病流行。季节性接种(flu shots)可预防甲型和乙型流感疾病，但对丙型流感无保护作用。呼吸道合胞病毒(RSV)是婴儿和幼儿中急性下呼吸道感染的首要病因，大部分住院病例发生在1岁以内的婴儿。在世界范围内，RSV被认为与160,000-600,000例死亡的年死亡率相关。处于患严重RSV病增加风险中的人包括早产婴儿和具有先天性心脏病、神经肌肉病、结构性气道畸形和免疫缺陷的婴儿。人副流感病毒(HPIV)是仅次于RSV的作为幼儿下呼吸道疾病的常见病因。HPIV还可引发具有重复感染的严重下呼吸道疾病，包括肺炎、支气管炎和毛细支气管炎，特别是在老年患者中和具有受损免疫系统的患者中。

尽管世界范围内呼吸道疾病的严重性，但治疗在性质上主要是支持性的。支气管扩张剂，皮质类固醇和白三烯受体拮抗剂(例如孟鲁司特)的使用普遍未能显示明确的临床益处，并且抗病毒药物例如利巴韦林仅显示模糊的临床益处。目前治疗和预防呼吸道感染的方法包括用于治疗流感的第二代单克隆抗体和高效抗病毒化合物例如奥司他韦(达菲[注射商标])和扎那米韦(Relenza[注射商标])。疫苗组合物也在开发中。然而，现有治疗方案的功效主要取决于鉴定所述呼吸道病原体。不幸地，鉴于大量可能的呼吸道病原体和相应菌株，使用标准诊断剂鉴定样品中的具体呼吸道病原体非常耗时，费用昂贵并且频繁导致不正确或不确定的诊断。典型诊断病毒学实验室使用病毒培养、免疫荧光染色和聚合酶链式反应(PCR)来筛查呼吸道病毒。然而，现有技术具有明显的限制。例如，病毒培养非常耗时，并且缺乏对检测、特别是在运输过程中不稳定的和/或具有苛刻生长要求的病毒的检测所必需的灵敏度。免疫荧光染色是不灵敏的，通常导致假阴性结果，目前的PCR测定通常缺乏有效地处理大量含多个靶的样品的高通量检测能力。

存在对开发以高水平的快速和灵敏度筛查多个呼吸道病原体的测 定的需要。

发明概述

本文中提供了对样品筛选多种呼吸道病原体以检测特定病原体的方法，该方法包括：

(a)从样品分离核酸，所述核酸推定包含来自一种或多种呼吸道病原体的核酸；