[发明专利]对少量复杂核酸测序

权利要求书

1.一种分析生物体的基因组DNA的方法，所述方法包括：

等分取样包含所述生物体的基因组DNA的不同的多核苷酸的样品以产生多个等分试样，每个等分试样包含所述不同的多核苷酸的一些，其中每个等分试样包含少于基因组DNA的单倍体基因组当量；

将每个等分试样中的所述多核苷酸片段化以在每个等分试样中产生所述多核苷酸的片段；

用等分试样特异性标签序列给所述片段加标签；

对每个等分试样中的片段测序以从每个等分试样产生多个读取结果，所述读取结果包括基因组序列和标签序列；和

装配来自每个等分试样的所述读取结果以产生对应于所述生物体的基因组的至少部分的装配序列，其中所述装配使用所述读取结果的所述等分试样特异性标签序列，其中装配所述读取结果包括：

当在第一数目的等分试样中出现碱基响应时，鉴定基因组的特定位置处的假碱基响应，所述第一数目的等分试样还包括所述特定位置处的不同的碱基响应，所述不同的碱基响应出现在第二数目的等分试样中，其中所述第二数目的等分试样多于第一数目的等分试样。

2.权利要求1的方法，其中所述基因组是哺乳动物基因组，和所述装配序列具有70％或更大的外显子组响应率。

3.权利要求1的方法，其中所述基因组包含至少1千兆碱基。

4.权利要求1的方法，其中所述基因组DNA是双链的，所述方法包括在等分取样前将所述双链的基因组DNA的单链分开。

5.权利要求1的方法，其中所述等分试样特异性标签序列是多核苷酸。

6.权利要求5的方法，其中所述等分试样特异性标签序列包含误差校正代码或误差检测代码。

7.权利要求6的方法，其中所述等分试样特异性标签序列包含Reed-Solomon误差校正代码。

8.权利要求1的方法，其还包括在测序前合并所述等分试样中的片段。

9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述装配序列包含所述装配序列的某位置处的碱基响应，所述方法还包括若所述碱基响应源自两个或更多个等分试样，则鉴定所述碱基响应为真。

10.权利要求1的方法，其中所述生物体是单个生物体。

11.权利要求1的方法，其包括鉴定所述装配序列中的多个序列变体，并对所述序列变体定相(phase)。

12.权利要求1的方法，其中所述样品包含所述生物体的1至20个细胞或自所述细胞分离的基因组DNA。

13.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述样品包含1pg和10ng之间的基因组DNA。

14.权利要求1-8中任一项的方法，其还包括扩增每个等分试样中的所述片段。

15.权利要求1的方法，其中所述基因组DNA对应于选自由以下组成的组中之一：基因组、外显子组、甲基化组(methylome)、不同生物体基因组的混合物、一种生物体的不同细胞类型的基因组的混合物，及它们的子集。

16.权利要求1的方法，其中所述装配序列具有80x或更少的基因组的覆盖。

17.权利要求1的方法，其中所述生物体是人。

18.权利要求1的方法，其中基于来自两个或更多个等分试样的位置的初步碱基响应，响应所述装配序列的位置处的碱基。

19.权利要求1的方法，其中装配所述读取结果包括：

确定处于所述基因组的特定位置处的第一碱基响应的第一得分，所述第一得分基于包括所述第一碱基响应的第一数目的等分试样，并代表处于所述基因组的特定位置处的第一碱基响应的概率；和

比较所述第一得分与第一阈值；和

基于所述得分是否高于或低于所述第一阈值鉴定所述第一碱基响应是否是接受的或是错误。

20.权利要求19的方法，其还包括：

确定所述特定位置处的其他碱基响应的一个或多个其他得分，其中全部所述得分低于所述第一阈值时确定所述特定位置为无响应。

21.权利要求19的方法，包括：

当两个得分高于第二阈值时，确定所述基因组中的所述特定位置是杂合的。