[发明专利]基于配对末端随机序列的基因分型

权利要求书

1.一种同时发现、检测一个或多个或大量样品中一种或多种多态性以及进行基因分型的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)从一个或多个或大量样品中提供DNA;

(b)用至少一种限制性内切酶消化所述DNA来降低所述样品DNA的复杂性以产生限制性片段；

(c)将至少一个标识物标签提供给所述样品限制性片段以产生带标签的限制性片段；

(d)对至少部分的所述带标签限制性片段进行配对末端测序；

(e)鉴定所述样品间的多态性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述配对末端测序读数的第一序列读数和第二序列读数组合成双标签，优选在计算机中进行。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述第一或第二序列读数之一在组合成双标签前反向互补。

4.如权利要求1-3所述的方法，其特征在于，所述标识物标签通过以下方式提供：

-将带标签衔接子连接到所述限制性片段上以产生连接有带标签衔接子的限制性片段；

或者

-用至少一个带标签引物扩增连接有衔接子的限制性片段，所述引物与至少部分衔接子互补，以产生连接有带标签衔接子的限制性片段。

5.如权利要求1-4所述的方法，其特征在于，所述序列根据标识物标签分配到所述样品中。

6.如权利要求1-5所述的方法，其特征在于，在样品间比较所述分配的序列来鉴定样品间序列的多态性。

7.如权利要求1-6所述的方法，其特征在于，在样品间比较所述双标签。

8.如权利要求1-7所述的方法，其特征在于，根据所述鉴定的多态性对所述样品进行基因分型。

9.如权利要求1-8所述的方法，其特征在于，所述复杂性降低包括用两种或多种限制性内切酶消化所述样品DNA以产生限制性片段。

10.如权利要求1-9所述的方法，其特征在于，在所述限制性片段的一个末端或两个末端连接衔接子以提供连接有衔接子的片段。

11.如权利要求9或10所述的方法，其特征在于，所述用不同限制性酶获得的限制性片段的各末端上连接不同的衔接子。

12.如权利要求10或11所述的方法，其特征在于，所述复杂性降低还包括用至少一种引物扩增连接有衔接子的片段，所述引物至少与部分所述衔接子互补。

13.如权利要求12所述的方法，其特征在于，所述引物还与限制性内切酶识别序列剩余部分的至少一部分互补。

14.如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述引物还包含位于引物3’端的一种或多种随机选择性核苷酸。

15.如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述引物包含位于引物3’端的一种或多种相同随机选择性核苷酸以用于一种或多种样品。

16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述测序基于高通量测序。

17.如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述高通量测序基于焦磷酸测序，优选在固体载体上。

16.如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述高通量测序基于连接测序或纳米孔测序。